修仙世界浊气横行，修士修行处处受困。凌玄宗长辈沈尘，滞留炼气境两百年，受尽旁人冷眼。上古石窗意外开启，让他与现代饭馆店主林晚建立跨时空联系。凡间饭菜蕴藏的灵气，恰好可以消解浊气。灵材换食材，两个世界的人互相扶持。沈尘逆袭破境，化解宗门与仙魔之间的冲突；林晚凭借仙方精进厨艺，从友情背叛的伤痛中走出来。身负同样的传承，二人携手挖掘浊气成因，解锁九重仙界秘密，相伴成长，坚守向善本心。

现代顶尖厨师意外身死，转生踏入修真天地，接手一间经营惨淡、濒临关门的小食铺。他觉醒融合万物食材的独特天赋，取天地灵材相融烹制珍馐，佳肴不仅滋味绝妙，更能滋养修士根基、助推修为突破，时常生出奇妙异象。开店途中，他结识修行遇阻的剑客、通晓百兽灵语的少女、被仇家追逼的少年，几人结伴相守彼此扶持。不少修士觊觎食材融合秘方，接连设计刁难、聚众上门发难，店主与伙伴同心协力并肩御敌，一一化解接踵而至的各类险境。

五灵根废柴林墨遭青梅柳若烟与天才师兄沈清舟联手构陷，灵根寸碎，被钉锁妖崖，含恨坠向万丈死渊。濒死之际，他的鲜血意外解封崖底沉睡千年的魔宗圣女苏凌曦，得传上古奇功《九转凡仙诀》——无需灵根，以凡躯历九次生死涅槃，锻骨炼魂，绝地逆袭。他重归宗门，于万众瞩目下废掉仇敌，夺回林家传承。秘境探踪，揭开千年前正魔大战的尘封冤案，师徒二人也从相依相守渐生情愫。携挚爱共渡天劫，一介凡骨，终等仙阙！

贫寒少年杨凡为活命卖身地主，偶得仙鼎本想安稳度日，却被邪修下蛊胁迫入仙门，做了丹堂杂役。仙门欺凌底层杂役，幸好仙鼎可将废丹炼作至宝。杨凡借仙鼎之力苦修，闯过无数危难，从底层奋起，最终超脱凡俗飞升成仙。

修仙界浊气弥漫，桎梏万千修士修行。凌玄宗的沈尘困于炼气境界两百年，常年遭受旁人讥讽。一次机缘，他借上古石窗打通通道，结识现代饭馆老板娘林晚。人间家常饭菜蕴含纯净灵气，可消解修仙界浊气。二人跨时空互通灵材与食材，彼此扶持。沈尘借美食之力突破境界，化解宗门纠葛，平息仙魔纷争；林晚凭所得仙方革新菜品，走出闺蜜背叛带来的人生低谷。原来二人同为上古通道继承者，携手探寻浊气本源与九重仙界隐秘，双向成长，互为救赎，诉说踏实奋进、真诚向善的力量。

这部漫画每卷都附有后记，记录创作历程。其实一开始，作者对妖怪知识所知甚少，其弟弟和助手们一直协助取材。经过长期且多方面的努力，第一卷漫画顺利发行。此后，作者也不断主动去了解妖怪知识，漫画愈发精彩。 普通高中生贰村剑辅拥有能目视到灵的特异体质，某天他遇到了使役巨大灵兽“白睿”的退魔少女土宫神乐。随后，剑辅加入了名为“对策室”（环境省・自然环境局・超自然灾害対策室）的机密机关，大都会地下无休止的放课后退魔故事就此展开。 《食灵零》的原创角色神宫寺菖蒲是对策室室长（属挂名形式），她是伤残人士，轮椅内藏有武器，在动画版中，2 年后她已不再担任室长。还有对策室成员纪之，他是菖蒲的秘书，做事冷静，不过有时神宫寺菖蒲会说他太冷淡，之后他被黄泉所伤，在动画版中，2 年后他个性变得有点像小孩子。同样是对策室成员的真砂子是纪之的朋友，早期纪之常拿她当挡箭牌来推辞黄泉的邀约，最后因纪之下不了手伤害黄泉，真砂子被黄泉所杀。 对策室里还有老手荒河，他曾是佣兵，外表粗壮、留着胡子且脸上有十字伤痕，是同性恋，对剑辅很感兴趣，其脸上的伤痕是在《食灵零》对抗黄泉的行动中被鵺的蛇尾所伤，似乎并未影响视力。还有来自非洲的巫师多纳兄弟，他们是同名双胞胎，其中一个在动画《食灵零》中被黄泉所杀，另一个在漫画第 20 话中替不死子挡子弹而死。另外，动画版有原创登场人物，内部通称特务 77，25 岁、身高 178cm、体重 65kg，生日是 11 月 24 日；以及内部通称特务 33，21 岁、身高 165cm、体重 52kg，生日是 2 月 7 日。

漫画《食灵》的前传，讲述女主角谏山黄泉与土宫神乐在阴阳师世界中的战斗与羁绊。

山村少年陆尘身负罕见雷灵根，为还清债务闯入险岭，机缘觉醒上古龟甲推演之力。偶遇身受冰火剧毒的仙门姬紫璇，以自身凡血化解她的致命伤势。二人自此牵扯不休，陆隐修为踏入仙门，周旋各派纷争，借机缘淬炼己身，步步踏向长生大道，揭开藏于仙宗深处的层层隐 秘。

天帝之子非言大婚之夜，被挚爱清澜毁去灵脉推入修罗道，历经百年苦难后拔去情根，化名无咎苦修三百年。多年后重逢，真相大白，原来是沐风盗取神血冒领恩情。魔域大乱，清澜舍身赎罪，无咎平定祸乱，拒天宫权位归隐灵山。

凡人卜大器心怀仁善，常年恭敬供奉土地公神像，意外与土地神明结缘。当地恶霸王元宝勾结贪腐县令，执意强拆土地庙，百姓流离无依。为护一方生灵，卜大器登门求助灶神，却撞见灶神醉酒怠事，争执间不幸殒命。玉帝感念其赤诚，册封他为新任灶神，命他历经七世穷苦、八世貌丑、九世孽缘三重试炼。途中扫把星、贪狼星屡次设局阻挠，卜大器携手土地公婆，一边点化世间善人，一边搜集贪官恶霸罪证，步步对抗庙堂强权，最终除去奸邪，渡完所有磨难，成为执掌人间善恶、守护万家烟火的灶神。