在一次原始森林的看守任务中，一位女看林人遇见了两位过着“后启示录”式蛮荒生活的生存者，一对父子。这对父子的信仰似乎自成一派，与自然的关系也微妙…

超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後，高山我夢（超人佳亞）重回到城南大學的校園，過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。 　　一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於，根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫？而地球的命運又會如何？

神秘戦隊ガイアレンジャーの副隊長であるガイアブルー・鮎川美潮は、悪の組織レイドスの女幹部ラマーヌの挑発を受けて一人で戦い敗北し、壮絶な拷問をかけられた過去を持っていた。その時の悪夢に今も苛まれていた美潮は、それを払拭するために、再度挑発してきたラマーヌに単身戦いに挑む。だがラマーヌは、想定以上の攻撃で美潮をいたぶり蹂躙するのだった…。

人間時代に瑞希にライバル心を持っていた格闘家の星崎麗は、瑞希がガイアレンジャーの一員になったことを知り自ら望んでデビルダークの一員・イーブランになる。 イーブランは、瑞希を倒すために戦闘能力の劣るガイアピンクを戦って捕らえガイアブルーの弱点を聞き出そうと考える。 激しい尋問にもガイアブルーのことを思って耐えるガイアピンクをみて、二人が強い絆で結ばれていることを知ったイーブランは、 男のガイアレンジャーに邪魔されないように男性染色体を弾く特殊な結界を貼り百恵を人質に瑞希をおびき出す。 抵抗できないブルーはダークポッド、そしてイーブランに痛めつけられ、さらに諸刃の剣であるガイアスーツに苦しめられてしまい、ついにブルーは捕らえられてしまう。 ブルーとピンクは、共に捕らえられガイアスーツにも苦しめられて、絶体絶命のピンチに陥るのだが・・・

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点贯穿前半段，因此前半段贴近于连续剧。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。