赛博坦星大战之后，大部分赛博坦人都离开了他们的母星。汽车人为寻找新能源，跟随他们的首领擎天柱来到了地球并结识了杰克、美柯、拉尔夫、富勒、珍等人类朋友，而霸天虎首领威震天则寻觅宇宙寻找暗黑超能量。不久后，截取到汽车人密码的红蜘蛛等霸天虎跟随着汽车人也来到了地球，就这样，机器人之间的战争被迁移到了地球上来。 由于数量上的差距，汽车始终处于劣势，随着宇宙大帝的出现，汽车人和霸天虎不得不暂时联手，在擎天柱释放了能源宝的力量之后，宇宙大帝被封印，但擎天柱也因此失忆，被威震天蒙骗做了霸天虎。 威震天利用擎天柱解读密码的本领找到了古代塞伯坦人发射到这里的遗物，这些遗物包括大规模杀伤力的武器和塞伯坦从古至今的一些圣物。威震天想要用这些武器去消灭所有的汽车人。 此时汽车人小队已经利用太空桥回到塞伯坦，利用擎天柱留下的魔力神球之匙访问装载着所有Prime的记忆的超级电脑——魔力神球，下载了其中的资料，并重新奥利安派克斯变回擎天柱。 重新找回领袖的汽车人们开始与威震天争夺遗物，期间汽车人找到了新的伙伴——烟幕，以及追击霸天虎天震的弟弟骇翼回到地球的千斤顶。 从遗物中，擎天柱明白……

经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 　　赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……

故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！

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地矿学家李教授带学生莫天良和女儿月儿探寻矿源，获绘有金矿地势的羊皮图。盗匪赵无奇一路追杀，李教授中弹，临终前将图一分为二交给两个年轻人。莫天良摔下百丈悬崖，所带半张图被赵夺走。 月儿被孟瑞救下并收留。他把月儿的半张羊皮图弄到手欲送从日本留学回来的孪生兄弟孟哲，想开金矿发大财。日本军方为研发新武器派山崎到中国寻找稀有金属。孟瑞离奇死去，脸上盖有一张赵无奇的面具。 接着土匪鹰老大尸体上也有赵无奇的面具。 手下曹双林决意为鹰老大报仇。孟哲、山崎、曹双林三路人来到福禄客栈寻找线索，一夜间发生了一场惊心动魂的打斗与拼杀……

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