影片中的特别行动组专门负责追踪外星人的下落，记录他们的动向。行动组每人都身穿黑衣，打黑色领带，比华盛顿官员和华尔街阔佬还要庄严肃穆。行动组的老将代号老K，从来不笑。为了增强战斗力，上级给他派了一个年轻的助手，代号小J。一个外星人飞碟击中山里人埃德加的卡车，并像鬼魂附体一般附在他身上。这个被“占领”的埃德加必须利用一个被占领的星座来攻克地球。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是…

所有人都需要一个领导者。必须有人带领他们，即使是一个病人。黑衣男子站在公共汽车站，警告所有新来的人排队。队列变长了…

A woman arrives as an acquaintance of a sister in law for a day under the bar master Tamura who had guided Yakuza's escaping.

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 　　崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……