“春虎，刚才的考试你有多少题不会做啊？” “……全、全部。” 阴阳塾的年轻暗鸦——春虎等一年级学生向晋级考试发出了挑战。但是，吊车尾的春虎笔试成绩惨不忍睹，而实技考试也没能顺利施展咒术，让夏目一直提心吊胆。就在这时，都内各地突然发生了灵灾。春虎的好友——曾经在灵灾中留下后遗症的冬儿身体也出现了异变。同时，“十二神将”里最凶狠，被称作“食鬼”的阴阳师也现身了—— 冬儿被“魔”侵蚀，身为土御门下任当家的夏目为处理事态挺身而出。春虎为了拯救挚友，为了主人夏目，四处拼命奔波！

火箭队的一个试验品，代号black，因为一次实验意外而被抛弃。后被山梨博士收留，取名“闇”。而简千屹则是一个家族的少爷，身份与闇截然不同。两人的性格也完全不一样，却在大木研究所第一次见面时，成了好朋友。约定长大后一起成为宝可梦大师，问鼎整个精灵世界。