神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，…

"水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。 就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！ 就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。"

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。 　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团 　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？ 　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？ 　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号...

这个故事发生在另一个世界。这个世界经常遭受宇宙人的侵略，他们大艰应承多具有模仿人类的能力，能融入人类社会中的任何角落，寻找着侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了抵御这些来自宇宙的侵略者，地球成立了特别搜查队DEUS（天神队）。DEUS的特工们平时都作为一般的市民生活，当接到指令时就会赶往指定地点。通常由几名特工组队处理事件，他们并不知道彼此的真名，都以代号称呼彼此。本作的主人公JIN在故事开端失去了自己的所有记忆。可他还没空思索自己的事情，就被出现在房间里的神秘女子交付了一副红色眼镜，并险些卷入了爆炸。脱险之后的JIN回到了家，可家中也没有任何能够得知自己身燥再渗份的物品。随着剧情发展，JIN失忆的真相将会逐渐被揭开。

与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者【Nightfly O'Note】的威胁。 人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关【LAG】，并组成对Nightfly O'Note战斗单位【Scared Rider】，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。 不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的Nightfly O'Note侵袭再度开始了。 第六战斗单位【Scared Rider Xechs】的成员们，为了与明一同守护世界，而投身于战场。 这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语。

《假面骑士魂骑x剑锋》，是《假面骑士圣刃》与《假面骑士灵骑》的联动作品。本部作品讲述了“水之剑士“——假面骑士剑锋，与背负非凡命运的兄妹相遇后，发生的一系列故事。 水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。 就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！ 就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。

丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了罗贝斯与天灾。尊向花音承诺，一定会帮她找到哥哥深海诚，花音便放心跟着谢贝尔走了。然而在回大天空寺的途中，马拉与卡米尤突然出现，再次劫走了花音。