神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶的责任，成为第五号的假面骑士·假面骑士X。

神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，…

本片收录了日本两大特摄英雄系列的资料，最后更有初代奥特曼和假面骑士一号合作战斗的短篇。

伦太郎（山口贵也 饰）和芽依（川津明日香 饰）遇到了C花音（工藤美樱 饰）。毫不知情的伦太郎对C花音的力量惊愕不已。 　　之后，伦太郎二人又遇到了真正的花音（工藤美樱 饰），他们一同想阻止C花音的暴走，但C花音毫不理会。 　　然后，丹顿的残党盯上C花音，出现了。伦太郎变身为Blades战斗，但圣剑之力对眼魔的科学技术毫无效果。花音也陷入了危机。 　　这时，深海诚（山本凉介 饰）来了，他的手上拿着奇幻驾驭书……

A little girl named Sayoko witnesses the murder of an Interpol agent by the G.O.D. kaijin Hercules. Keisuke Jin saves her before Hercules disposes of her. Sayoko tells Keisuke that G.O.D. is targeting an important official named Kibara. Kamen Rider X has his hands full when G.O.D abducts Kibara and takes Sayoko and her mother hostage.

"水之剑士——新堂伦太郎，与编辑——须藤芽依，遇见了“复制人花音”。伦太郎对事情的来龙去脉一无所知，所以当他看到复制人花音的力量后，感到十分惊愕。不久后，伦太郎一行人遇见了真正的花音，虽然他们尝试一起控制住失控的“复制人花音”，但“复制人花音”根本听不进去，众人也感到十分棘手。 就在这时，丹顿残党竟然突然出现了，他们也盯上了“复制人花音”，这让伦太郎一行人措手不及。伦太郎变身而成的假面骑士剑锋虽然奋力战斗，试图力挽狂澜，可是圣剑的力量根本对付不了眼魔的科技。花音有生命危险！ 就在千钧一发之际，深海诚出现了。而他的手中，竟然拿着奇幻驱动书！众人携手作战，最终敌人被打败，花音也见到了自己思念的哥哥。"

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号...

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 　　但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。 　　这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团 　　这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？ 　　但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？ 　　他最后能不能知道所有事情真相呢……

这个故事发生在另一个世界。这个世界经常遭受宇宙人的侵略，他们大艰应承多具有模仿人类的能力，能融入人类社会中的任何角落，寻找着侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了抵御这些来自宇宙的侵略者，地球成立了特别搜查队DEUS（天神队）。DEUS的特工们平时都作为一般的市民生活，当接到指令时就会赶往指定地点。通常由几名特工组队处理事件，他们并不知道彼此的真名，都以代号称呼彼此。本作的主人公JIN在故事开端失去了自己的所有记忆。可他还没空思索自己的事情，就被出现在房间里的神秘女子交付了一副红色眼镜，并险些卷入了爆炸。脱险之后的JIN回到了家，可家中也没有任何能够得知自己身燥再渗份的物品。随着剧情发展，JIN失忆的真相将会逐渐被揭开。