沉睡十个世纪的巨鸟生于纽约曼哈顿区的一座大楼顶楼，巨鸟的食量奇大，并且时常出来猎食。纽约是警方为了这些无头命案因扰不已。最后由一名枪匪无意中发现巨鸟藏身处，于是警方与巨鸟展开一场大战。

专注与生物科技研究与开发的塞姆公司，通过基因序列重组制造出了可用于军事方面的梭鱼翼龙。公司老板塞姆原指望通过该研究得到大笔资金支持，谁知在第一次实验时公司内幕有人修改了梭鱼翼龙的程序，导致这只可怕的杀人武器失去控制，旋即对视野范围内的所有生物展开无差别的猎杀。与此同时，曾经引发过无数恐慌与杀戮的八爪狂鲨被人狙杀，但是它的卵巢被生物学家洛伦娜所获得，洛伦娜将一只活生生的章鲨宝宝带到了某水上乐园豢养。塞姆公司很快发现八爪狂鲨仍然存在于世，他们找到水上乐园，希望狂鲨和那只在逃的生物杀人武器展开恐怖的对决……

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 　　而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……

2017年，超级大国“布里塔利亚帝国”（Britannia）朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了…