2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

在泰拉的大地上，各地不规则地发生着原因不明的天灾。因此，大多数人为了逃避天灾生活在长年累月以来开发的移动城邦。留在天灾旧址上的拥有巨大能量的源石，一方面有助于文明的飞跃性进步，另一方面也会制造不治之症——矿石病。矿石病的感染者身体逐渐结晶，死亡时会成为新的感染源，各国都建立了隔离和强制劳动的体制使得感染者成为迫害对象。受压迫的感染者们举起了反旗，研究矿石病治疗方法的制药公司“罗德岛”，为了从疾病中拯救所有人，拿起武器，走上了属于自己的生存之道。

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

矿石病——那是会让人体逐渐结晶化直至死亡的不治之症。 罗德岛制药公司为研制出治疗矿石病的特效药物，并为解决天灾与矿石病带来的各种问题与争端、改善感染者的处境而不断采取着行动。为阻止感染者组织整合运动的暴行，罗德岛与炎国城市龙门签订协议，为实现各自的目标而共同行动着。 在经历了与米莎和碎骨的战斗之后，阿米娅无法接受现实，独自消沉着。 而在另一边，罗德岛向分城废墟派遣的侦察小队，注意到了废城中出现的特异现象……

游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

我们都忘记了、檀黎斗是诸恶之根源这件事—。在剧场版「假面骑士EX-AID True Ending」（与「假面骑士平成世代FINAL」）的故事之后，过去了2年——恶之根源·檀黎斗逃狱后，出现了的新的威胁…已经走上了各自的路途的骑士们，再次穿戴上了玩家驱动腰带！

我们都忘记了、檀黎斗是诸恶之根源这件事—。在剧场版「假面骑士EX-AID True Ending」（与「假面骑士平成世代FINAL」）的故事之后，过去了2年——恶之根源·檀黎斗逃狱后，出现了的新的威胁…已经走上了各自的路途的骑士们，再次穿戴上了玩家驱动腰带！