电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有「哥斯拉」，变成怪物大战外星人。

电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有「哥斯拉」，变成怪物大战外星人。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

８月１５日の玉音放送で終結したと思われてきた太平洋戦争。しかしその後も各地の部隊が特攻作戦を続け、米軍上陸に備えてゲリラ戦の準備も行われるなど、本土決戦への意欲を高めていた。 　　一方、日本進駐を進めようとしていた米軍は、日本の部隊が戦闘をやめない事態を想定。武力で日本上陸を行うことを計画していた。再び戦闘が起きれば本土が戦場となり、私たちが知る戦後と違う道を歩む可能性もあったのだ。当時、政府・軍中央の統制は弱まり、空白期間とも言える状況に陥っていた。この危機を乗り越える原動力となったのは、「終戦の詔勅」に向き合い、部下にどう行動すべきかを説いた前線の名も無き将校たちだった。 　　玉音放送から戦闘が停止するまでの“緊迫の７日間”を追い、今に至る戦後へと踏み出した日本人の姿を見つめる。 　　ナビゲーター　二宮和也

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

时间是FF7结局陨石撞击Midgar的两年后。人们在几乎成为废墟的Midgar周围新建了一个条大街取名“Edge”。神罗公司不复存在，人们也终于了解到过度开采魔晃能源带来的危害有多么巨大，开始寻找新的对星球无害的能源。 　　正当人们努力重建家园的时候，人群中开始蔓延一种名为“星痕症候群”的不治怪病，一说是愤怒的星球对人类的惩罚，真的是这样的吗？ 　　Tifa战后在Edge重开了她的酒吧Seventh Heaven，同时照料着一群患“星痕症候群”的孤儿。 Cloud离开朝夕相处的同伴开了一家运输公司独自一人行动，在某一天他遇到了3个叫他“哥哥”的神秘黑衣人，白发绿眼似曾相识，他们的目的只有一个——寻找“母亲”Jenova的头部完成Reunion复活Sephiroth。对Aerith牺牲强烈的自责感和“星痕症候群”的不断发作使Cloud在战斗中越发吃力，而突如其来的一场小雨治愈了Cloud的星痕症，冥冥中Cloud仿佛听到了“她”的鼓励声，终于振作起来的Cloud面对复活的Sephiroth使出了他的最强技——超究武神覇斬ver.5…… 　　教堂中从地低冒出的水拯救了所有的病人，没人能解释这股水是从哪来的——其实也不需要解释，是的，只有“她”，谢谢你，Aerith。

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？