《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

承接了上一部的故事，曾是牛郎的帅哥须藤司（青木玄德 饰）因为过不了心理的坎，而离开了安藤忠臣（山田裕贵 饰）的最后融资，独自流落街头。就在快要饿死时，总算找到一份夜总会服务生的工作糊口。店里的陪酒女艾玛（逢泽莉娜 饰）引起了他的注意。和其他热情有加的陪酒女不同，艾玛的态度十分冷漠，还对阿司冷嘲热讽。一次偶然机会，阿司发现艾玛欠下了巨额债款。在深入交流中，他也发现了艾玛不为人知的另一面，两人的心逐渐靠近。然而他们要面对的却是残酷无情的现实...

承接了上一部的故事，曾是牛郎的帅哥须藤司（青木玄德 饰）因为过不了心理的坎，而离开了安藤忠臣（山田裕贵 饰）的最后融资，独自流落街头。就在快要饿死时，总算找到一份夜总会服务生的工作糊口。店里的陪酒女艾玛（逢泽莉娜 饰）引起了他的注意。和其他热情有加的陪酒女不同，艾玛的态度十分冷漠，还对阿司冷嘲热讽。一次偶然机会，阿司发现艾玛欠下了巨额债款。在深入交流中，他也发现了艾玛不为人知的另一面，两人的心逐渐靠近。然而他们要面对的却是残酷无情的现实...

一对男女逃犯夏梦、金海荣坐上忠厚司机郝连德的出租车，郝要把两人绳之于法送往公安局，纠缠间出租车与大型集货箱车相碰，引起严重车祸。车祸中伤及一个中学生林义丹、孕妇苏丽英，女逃犯夏梦，郝连德亦受重伤。 在治疗过程中林义丹、苏丽英、夏梦三人因为输血感染绝症。一场车祸从此使林义丹、苏丽英的命运便与悲惨两字扯上关系。 由于林义丹亲母李悦萍的介入，使痛爱林义丹的继母沈凝和当公安的父亲林成均离婚；林成均为了赚儿子的医药费，与毒贩勾结……最终案情大白之时，揭开了林成均的卧底身份……

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一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？