故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？颠覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。 　　-------- 　　第一季结束 　　第二季主要演员卡司包括第一季萌骑士团五熊(蔡颐榛)、寒(蔡芷纭)、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋，本季加入更坚强阵容，包括张善为、草莓姊姊及人气偶像阿本，为第二季之光荣圣战奋斗！ 寒再次演出乌克娜娜的角色，她表示这次更得心应手，林奕勋甚至调侃她都不用练习就能上镜演出，真的是猴塞雷！随著萌学园2开拍，演员感情更为深厚，为萌学园2的演出，培养了绝佳默契！

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

暂无剧情简介

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故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

【本片翻译由澄空学园字幕组提供】 故事讲述男主角星野一马，为了陪同身体虚弱的弟弟星野步疗养，在学期过了一半却决定和弟弟由市镇搬到空气清新的乡郊山比古町居住。本应是值得纪念的转校第一天，一马在这陌生的道路上迷了路，但幸好的是，一马遇到了同校的女生中津川初，并像其他王道游戏般，两人“意外地”滑倒，又“意外地”地接了吻。在一连串的意外后，最意外的竟是被初的好友日向伊吹看到了，就这样，他们三人的初遇及再遇的故事便在这乡郊里展开。

在人生最最纯然且充满想象力的几年里，13岁的小女孩谢欣美（徐娇 饰）都与爷爷（曾江 饰）在深山里度过。古朴的小木屋和静寂迷人的夜空，是她记忆深处最遥远和笃定的依恋。可是终于有一天小美要离开这里，她随着爸爸（庾澄庆 饰）妈妈（刘若英 饰）回到城市生活。繁华的都市五光十色，却无法带给她些许的归属与感动。与小美有着类似地感受的是频繁随着父母搬家与转学的男孩周宇杰（林晖闵饰），相似的境遇与心境让他们走到一起，成为最要好的朋友。某一天，小美的爸爸妈妈选择分手，而她也终于...