故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

梅克是一名新任中士，他的弟弟莫克在青年士兵部队服役。当日军的某样东西在登陆期间失踪后，他们面临着一个神秘威胁。泰国和日本宣布停火后，梅克接到一项特殊的秘密任务，要与一支日本作战部队一同清理该地区，而他却浑然不知这其中可能也包括他自己的弟弟。

梅克是一名新任中士，他的弟弟莫克在青年士兵部队服役。当日军的某样东西在登陆期间失踪后，他们面临着一个神秘威胁。泰国和日本宣布停火后，梅克接到一项特殊的秘密任务，要与一支日本作战部队一同清理该地区，而他却浑然不知这其中可能也包括他自己的弟弟。

斯米尔和本是高速公路警察，他们接到命令保护凯瑟琳温蒂，一名建筑设计师。但斯米尔却陷入痛苦和绝望，因为他发现自己深爱的妻子居然和别人私通，这让斯米尔在执行任务过程中备受困扰，以至于他和女儿都被歹徒保卫陷入绝境。关键时刻他在老搭档的解救下脱困，但他不知道的是这一切竟然是一个巨大的阴谋……

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？颠覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。 　　-------- 　　第一季结束 　　第二季主要演员卡司包括第一季萌骑士团五熊(蔡颐榛)、寒(蔡芷纭)、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋，本季加入更坚强阵容，包括张善为、草莓姊姊及人气偶像阿本，为第二季之光荣圣战奋斗！ 寒再次演出乌克娜娜的角色，她表示这次更得心应手，林奕勋甚至调侃她都不用练习就能上镜演出，真的是猴塞雷！随著萌学园2开拍，演员感情更为深厚，为萌学园2的演出，培养了绝佳默契！