《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

很久以前，在祖国美丽的宝岛台湾，住着一位勇敢的青年大尖和一位美丽的姑娘水社。他们相互爱慕，常常在大树下相会。有一天，太阳和月亮被神秘的怪影吞掉了，整个大地陷入一片黑暗。原来，两条住在黑水潭的妖龙偷走了太阳和月亮。大尖和水社决心救出太阳和月亮。他们跋山涉水，在小动物们的帮助下找到了金斧头和金剪刀，杀死了妖龙，救出了太阳和月亮。为了保护太阳和月亮，他们守护在潭水边，后来变成了两座大山，一座叫大尖山，一座叫水社山。原先的黑水潭也变得清澈美丽了，人们便叫它日月潭。

很久以前，在祖国美丽的宝岛台湾，住着一位勇敢的青年大尖和一位美丽的姑娘水社。他们相互爱慕，常常在大树下相会。有一天，太阳和月亮被神秘的怪影吞掉了，整个大地陷入一片黑暗。原来，两条住在黑水潭的妖龙偷走了太阳和月亮。大尖和水社决心救出太阳和月亮。他们跋山涉水，在小动物们的帮助下找到了金斧头和金剪刀，杀死了妖龙，救出了太阳和月亮。为了保护太阳和月亮，他们守护在潭水边，后来变成了两座大山，一座叫大尖山，一座叫水社山。原先的黑水潭也变得清澈美丽了，人们便叫它日月潭。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团带来什麼冲击？颠覆你对魔幻世界的想像力，一起探索萌学园体验奇幻旅程。 　　-------- 　　第一季结束 　　第二季主要演员卡司包括第一季萌骑士团五熊(蔡颐榛)、寒(蔡芷纭)、曾子余、博焱、利昂霖和林奕勋，本季加入更坚强阵容，包括张善为、草莓姊姊及人气偶像阿本，为第二季之光荣圣战奋斗！ 寒再次演出乌克娜娜的角色，她表示这次更得心应手，林奕勋甚至调侃她都不用练习就能上镜演出，真的是猴塞雷！随著萌学园2开拍，演员感情更为深厚，为萌学园2的演出，培养了绝佳默契！

两岸分隔的数十年造成多少遗憾，一道海峡深深埋葬了多少真情，时代造成的悲剧，让江中鹤在婶婆临终前踏上寻亲之旅，也让他在台湾遇上一生的挚爱，然而，婶婆与叔公五十年的离别与相思，让中鹤面对真爱却不敢追寻，人们心底最深的秘密与矛盾，就在剧情里逐一展开。但是什么都挡不住两岸的人心求统一，血永远浓于水……

两岸分隔的数十年造成多少遗憾，一道海峡深深埋葬了多少真情，时代造成的悲剧，让江中鹤在婶婆临终前踏上寻亲之旅，也让他在台湾遇上一生的挚爱，然而，婶婆与叔公五十年的离别与相思，让中鹤面对真爱却不敢追寻，人们心底最深的秘密与矛盾，就在剧情里逐一展开。但是什么都挡不住两岸的人心求统一，血永远浓于水……