故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

满月的命运——齿轮转动的新月之夜。世界上的魔力消失后近1000年的时间过去了，魔法已经完全消逝于人们的记忆之中。在这样的世界里生活着的开朗活泼的高中生小日向满月。虽然过着积极向前的生活，但心里还是有些不安。自己什么也不擅长——。不擅长学习和运动的她，憧憬着只有自己能做到的“什么”。在夜月感觉上特别大的满月之夜，她和一个以月为名的少女、新月艾尔涅丝塔深海相遇了，这也是她和魔法人偶“阿尔玛诺克斯”的首次相遇。满月命运的齿轮，发出咯吱咯吱的声音现在开始转动了——。

曾经，这是一个人类和魔法共存的世界，但一场意外的发生令魔法就此消身匿迹，一晃眼就是1000年过去，人类甚至连他们曾经拥有魔法这件事情都给忘记了。小日向满月（岛袋美由利 配音）是一名个性活泼开朗的女子高中生，不擅长拒绝的她无论别人拜托什么事情都会满口答应下来，因此在当地人缘非常的好。 　　一天，小日向满月邂逅了一位名叫新月艾尔涅丝塔深海（种崎敦美 配音）的神秘少女，看上去冷漠孤傲拒人于千里之外的少女，也被小日向满月的热情给融化了。在新月艾尔涅丝塔深海的带领之下，小日向满月第一次知道这个世界上存在着人偶阿尔玛诺克斯，同时亦得知了魔法并没有完全绝迹的真相。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？