創立されたばかりの私立聖学園。第一期生の冴島翠は2学期早々生徒会役員候補に担ぎ出され、その日の午後に立会演説会でスピーチする羽目になってしまう。緊張した面持ちで講堂に行くと、立候補者の中に以前から存在が気になっていたリーゼント頭の男子生徒、須藤晃を見つける。くじ引きにより最初にスピーチを始めた翠だったが、マイクコードに足を引っ掛けて転んでしまい、更にスカートがめくれて全校生徒の前で自分のパンツを丸出しにしてしまう失態を犯してしまうが、晃のフォローにより無事切り抜ける。投票の結果、翠と晃、そして麻宮裕子、瀧川秀一、河野文太の5人が第一期生徒会役員に就任する。こうして、翠は晃たちと生徒会活動を行いながら、3年間の高校生活を送ることになる。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

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萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。