一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

长到21岁的时候，蒂姆·雷克 （ 多姆纳尔·格里森 饰演）突然得知自己有穿越时空的能力。在和往年一样不欢而散的新年派对之后，蒂姆的爸爸 （ 比尔·奈伊 饰演）跟他坦诚布公：我们这个家族的男人，生来就有着穿越时空的神力。蒂姆虽然不能改变历史，但是他能够改变自己生命中发生过的和将要发生的一些小事，所以他决定运用自己的能力，让生活变得美好——说白了他是希望给自己找一个女朋友。然而，这并非像他想象中那么容易。蒂姆从 康沃尔海岸搬到了 伦敦，受训成为律师，在这里他终于遇上了一位漂亮但不那么自信的姑娘，名叫玛丽（ 瑞秋·麦克亚当斯 饰演）。两人相爱了。然而一次“穿越”当中，蒂姆不小心改变的一件小事就像“ 蝴蝶效应”一样让他在将来生活中没有机会遇到玛丽。通过一次又一次的尝试，蒂姆一次又一次地和玛丽相遇，他终于赢得了她的心 。

21岁时，蒂姆·雷克（多姆纳尔·格里森 饰演）意外得知自己拥有穿越时空的能力。在一场和往年一样闹得不欢而散的新年派对后，蒂姆的爸爸（比尔·奈伊 饰演）向他坦白：他们家族的男性生来就具备穿越时空的超能力。蒂姆虽无法改变历史，但能改变自己生命中已发生和即将发生的一些小事，于是他决定利用这能力让生活变得更美好——简单来说，就是想给自己找个女朋友。然而，事情远没有他想象的那么简单。蒂姆从康沃尔海岸搬到伦敦，成为一名实习律师，在那里他邂逅了一位美丽却缺乏自信的姑娘玛丽（瑞秋·麦克亚当斯 饰演），两人坠入爱河。但在一次“穿越”中，蒂姆不经意改变的一件小事如“蝴蝶效应”般，使他未来再没机会遇见玛丽。经过一次次尝试，蒂姆一次次与玛丽重逢，最终赢得了她的芳心。

《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

女子高生である哲子は、カメラマンである兄の撮影につき合うためにロケ用のマイクロバスに乗っていた。しかし、兄が車を離れた隙に謎の少年が運転席に駆け込み、持ち込んだ機械をバスに取り付けてスイッチを入れてしまう。偶然その場にい合わせた哲子と、哲子の同級生である真一や信夫、教師の北とその少年とともに、バスは1945年の東京大空襲の現場にタイムトリップしてしまう。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。