《萌學園外傳》內容是劇中人物的小秘密。

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次抢救魔法生物的任务中，意外引来宇宙中的黑色力量莫尔斯（傅冠杰 饰），威胁萌骑士交出磐古，召唤出萌学园的过去，否则将用魔法抽干地球水资源，让所有生命干涸而死！磐古，究竟是什么？为了拯救地球，萌骑士踏上寻找磐古的旅程，竟发现磐古的神秘力量与自己的魔法有着密不可分的连接结，然而要付出什么代价才能阻止莫尔斯夺走磐古？与萌骑士一起面对跟地球共存亡的关键战役！

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由萌骑士幻之星、炎之星、智之星、十之…

该剧围绕一名乡村女教师展开，讲述了她远离繁华都市，心甘情愿地为山村教学无私奉献的故事。 李良伟，他早年是一名知青，钟爱教育事业，把毕生的精力都投入其中。后来李良伟被城市老板展旗聘为柳崖子村小学的校长，他一直为孩子们的教育事业而废寝忘食、兢兢业业。山村的生活虽然很清贫，但他一直无悔。也正因为他是有文化的知青出身，即使是清贫也骨子里透出高贵。李良伟对自己的妻子巧云心存内疚，因为她曾是村里最美的女人，跟自己结婚后却没有享福。他对柳晓月则是心存感激，心底很希望她留在山村协助自己继续教学，但又不愿意影响她进城当老师的美好的前途。

该剧围绕一名乡村女教师展开，讲述了她远离繁华都市，心甘情愿地为山村教学无私奉献的故事。 李良伟，他早年是一名知青，钟爱教育事业，把毕生的精力都投入其中。后来李良伟被城市老板展旗聘为柳崖子村小学的校长，他一直为孩子们的教育事业而废寝忘食、兢兢业业。山村的生活虽然很清贫，但他一直无悔。也正因为他是有文化的知青出身，即使是清贫也骨子里透出高贵。李良伟对自己的妻子巧云心存内疚，因为她曾是村里最美的女人，跟自己结婚后却没有享福。他对柳晓月则是心存感激，心底很希望她留在山村协助自己继续教学，但又不愿意影响她进城当老师的美好的前途。

父亲在美珍小时候离家出走，再也没有回来，留下母亲、大哥和她。一家三口表面和睦相处，但每个人心中都各有秘密。美珍在便利店卑微地工作，每日受经理的气，只能将心神寄托在交友软件上认识的男生；大哥生意不顺，与妻子分居，却在家人面前假装恩爱；母亲为家人劳心劳力，其实仍对多年前一件令丈夫离去的事感到内疚。人有悲欢离合，他们终会意识到，相聚一刻就是最大幸福。

2003年，周大荣欣喜赴越南娶妻。当时，大荣以为完成了父亲的遗愿！阿兰也以为可以像堂妹一样幸福美满，未料却事与愿违！语言不通，让她与患有精神疾病的婆婆无法沟通。避免婆媳起衝突，阿兰带著儿子搬到附近租屋，直到婆婆往生后才搬回家。大荣长期失业，家计全落在阿兰身上，为了工作及孩子，阿兰努力突破不识字问题到学校学国语，她知道终究还是要得靠自己才能扶持一个家。@爱笑聚

父亲在美珍小时候离家出走，再也没有回来，留下母亲、大哥和她。一家三口表面和睦相处，但每个人心中都各有秘密。美珍在便利店卑微地工作，每日受经理的气，只能将心神寄托在交友软件上认识的男生；大哥生意不顺，与妻子分居，却在家人面前假装恩爱；母亲为家人劳心劳力，其实仍对多年前一件令丈夫离去的事感到内疚。人有悲欢离合，他们终会意识到，相聚一刻就是最大幸福。

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？