蜂蜜与四叶草讲述美大生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的烦恼之中度过的大学生活。 有一天，竹本他们的大学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的爱情表现（特别是最重要的小育）让人无法感受，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才华洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担忧成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。 然而，两人的恋爱却不是一般人所能理解的，是一种天才之间灵魂的结合。小育与森田之间有着似乎名为恋爱的微妙关系，但森田却若有似无的对小育表现出客气的态度。虽然相互受到对方的作品刺激而醉心于创作活动之中，可是某天森田却在没有任何告知的情况下突然开始到美国为期一年的旅行，两人的关系就这样在远近之间不断的来回。

毛头小子竹本是美术系新生，对大学生活充满了憧憬，入驻公寓第一天便受到两个人的震撼：浑身裹着古怪艺术家气质的同屋森田，才华横溢而浑身萝莉气的自闭少女花本育，二人几乎同时喜欢上小育，但小育和美术老师阿修有亲戚关系，被他保护得非常严密。另一个室友真山被女生山田默默爱着，但他却痴迷打工时的上司——美丽成熟的建筑师理花。两条故事线交织着青春的一切：大学生活，艺术梦想，狂狷的内心，矛盾的感情。在身边人个个闪闪发光的映衬下，最为单纯平凡的竹本，从最初的迷茫慢慢意识到自己的成长……

故事讲述了就读美术大学的竹本，真山，森田3人住在一个便宜公寓里的只铺着六块草席、外加厨房三块、没有洗澡地方的房间，虽然过着贫穷的日子，但对三人来说丝毫没有影响对生活的热爱。就这样平凡生活当中的某天，三人通过花本老师的介绍，认识了他的侄女，像少女一样娇小的可爱的插班生久美。就像是冥冥中注定似的，竹本与森田似乎都对花本一见钟情……