就读美术大学的竹本,真山,森田3人住在一个便宜公寓里的只铺着六块草席.外加厨房3块,没有洗澡的房间,虽然过着贫穷的日子,但对3人来说丝毫没有影响对生活的热爱. 就这样平凡生活当中的某天,3人通过花本老师的介绍.认识了他的侄女,像少女一样娇小可爱的插斑生久美.就像是明明中注定似的,竹本和森田似乎都对花本一见钟情. 但是两人的求爱表现恰恰是相反的,相对与无意中的简单易懂,但又有些苯拙的竹本来说.森田的那些极度难懂的爱情表现却经常让周遭为难.3人的爱情表现交错中,森田就不用说了,竹本甚至是久美连互相的心情也没察觉到,时间就这样流逝而去. 另一方面,真山强烈思念着建筑设计师理花.真山一心一意想用自己的真诚来希望换得理花的爱.但理化却因为他的执着而感到心情沉重.真山虽也注意到一心关心着自己的同年纪的山田的心情,却不能给她回报~~ 想要填补心灵空缺的真山,不能接受真山爱的理化,只是喜欢真山却留不住他的山田. 从此生活就围绕着以两个各自感到痛苦的三角关系为中心,各自的心情,各自的烦恼,而展开一串串虽然有些悲伤却又有趣的单恋故事。

蜂蜜与四叶草讲述美大生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的烦恼之中度过的大学生活。 有一天，竹本他们的大学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的爱情表现（特别是最重要的小育）让人无法感受，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才华洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担忧成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。 然而，两人的恋爱却不是一般人所能理解的，是一种天才之间灵魂的结合。小育与森田之间有着似乎名为恋爱的微妙关系，但森田却若有似无的对小育表现出客气的态度。虽然相互受到对方的作品刺激而醉心于创作活动之中，可是某天森田却在没有任何告知的情况下突然开始到美国为期一年的旅行，两人的关系就这样在远近之间不断的来回。