俄羅斯的西伯利亞鐵路列車上，發生病毒大流行事件，造成許多人喪生。而這個病毒被一位名叫麻耶的女性帶進日本，這個女性所屬的組織，企圖利用這種病毒進行名為「血色星期一」的恐怖攻擊。少年高木藤丸的父親所隸屬的政府祕密組織察覺這件事情，而正在進行調查，沒想到敵方組織已經先行下手，將藤丸的父親誣賴為殺人犯，而接下來他們的目標，就是已經知道部份祕密的藤丸…

因為遭神秘組織盯上，藤丸父親被栽贓為殺人犯，妹妹小遙遭人綁架。儘管藤丸靠新聞社的眾人之力，成功救回小遙，但小遙卻又再次被綁架！眼看小遙命在旦夕，藤丸想出的計策是……？

寶生小百合終於在小遙與音彌面前展現真面目！但是卻在抓著小遙逃跑的過程中遭到射殺！而擔心小遙安危的藤丸，主動跟麻耶提出交易的要求。藤丸提出的要求，居然是跟敵人的參謀見面！沒想到身為恐怖組織參謀的「J」也答應這個要求，前來與藤丸見面…

(完結篇)藤丸等人得知恐怖份子要用來發動的攻擊的武器，其實是殺傷力非常強大的中子彈！為了阻止東京遭到毀滅，藤丸等人努力的在尋找中子彈的下落。最後雖然發現中子彈的下落，但卻陷入無法阻止炸彈引爆的危機！距離中子彈引爆的時間只剩下10分鐘，藤丸是否能夠成功的拯救東京的危機？

在經過一陣鬥志之後，藤丸終於成功的揭開麻耶的真面目，並且成功的抓住麻耶。但就在麻耶被「THIRD-i」審問時，神祕組織的計畫還是在進行。而藤丸在一次偶然的機會下與正在逃亡的父親重逢，還替父親打敗了前來追殺的殺手。而藤丸的父親也把兩個重要的東西交給藤丸…

彌代學院裡出現感染病毒的人！這個人居然是藤丸的好友─立川英！原來恐怖份子企圖以這種方式將九條法務大臣等人當成人質，要求釋放教祖─神島紫門。但是手上還有抗病毒劑的藤丸決定要對敵人展開反擊！

正在被「THIRD-i」審問的折原麻耶突然提出要做司法交易的要求！眾人在半信半疑的狀況下，答應了麻耶的要求，在麻耶的帶領下離開了「THIRD-i」的總部。沒想到這一切都是個謊驗，麻耶是為了要在潛伏於「THIRD-i」內的間諜一起離開才這麼做的。而藤丸也在路上發現間諜的真面目。沒想到間諜居然是一個意想不到的人物！

為了解救在「THIRD-i」總部地下室遭到病毒感染的職員，藤丸努力的尋找「敷村檔案」中提到的抗病毒劑。而他為了解開「敷村檔案」的密碼，前來拜訪當初得到「敷村檔案」的宗方小姐。沒想到藤丸確發現宗方小姐得到的檔案是假檔案，而且宗方小姐居然也是恐怖組織的一員…

因為麻耶潛入『THIRD-i』的關係，儲存「聖誕節屠殺」原始檔案的晶片被奪走了！後來雖然藤丸查出抗病毒劑的下落，並且成功找到抗病毒劑，但也是在麻耶的妨礙之下，只帶走一盒抗病毒劑，其他的則次被破壞殆盡。而順利與龍之介一起逃出敵人追捕的音彌與小葵，決定前往彌代學院躲藏。沒想到恐怖份子的下一個目標，就是彌代學院！

教祖身亡，教團人員大部分也遭到逮捕或是死亡，恐怖組織看似已經瓦解，沒想到危機還是繼續潛伏在藤丸等人身邊。 成為新任導師的『K』，其真面目其實就是藤丸身邊極為親近的好友之一！ 在『J』的暗示下，藤丸等人察覺出『血色星期一』的真正含意，原來恐怖攻擊並不是藉由病毒發動，而是企圖以更可怕的武器來進行！