影片讲述了在一个时局动乱，军阀割据的年代，百姓民不聊生，坊间谣传诡门十三针是一种神奇的针法，能够治疗各种疑难杂症，主人公赤瞳从小就是孤儿，父母…

邻居张不平、张不凡离奇的失踪，李飞在报案无果后，决定自己去寻找邻居，却误入诡门，来到了异能学院，万幸的是，在这个奇幻的世界里找到了不平和不凡，并了解了诡门以及不平、不凡的身世。 然而，他们都不知道，他们已经卷入了十二坊的阴谋之中，在十二坊的策划下，笑伦与假校长欲使计一举摧毁诡门。 在诡门危在旦夕之际，李飞通过午休老师的异能——休歇，进入了灵界幻境，并替换出来了真校长，拯救了诡门，再一次打破了十二坊的阴谋