贝利亚军团覆灭后，赛罗奥特曼组建“终极赛罗警备队”，计划重访艾美拉娜公主。队员詹伯特先行出发时被人工星球比特星捕获，赛罗等人展开救援，途中遇见潜入星球的雷与日向船长。比特星以消灭有机生命体为目标，内部存在大量机器人军团及被控制的詹伯特、钢铁杀手等敌人。众人协同作战，突破危机并揭露幕后黑手，最终解救被困同伴并终止星球计划。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。 原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。

ZAP SPACY收到求救信号后，雷等人立刻驾驶盘龙号前往事发地，却不料被吸入扭曲空间。在扭曲空间的一颗行星上，雷他们遇到了来自其他次元的自己，同时还出现了一头机械哥莫拉。原来，莎乐美星人正在这颗星球上进行秘密试验，该试验使得所有次元的联系都汇聚到了一起。雷召唤哥莫拉与机械哥莫拉战斗，但哥莫拉不敌。就在情况危急之时，赛罗奥特曼出现营救。为了让试验计划继续推进，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。

■STAGEI「鋼鉄の宇宙」 ウルトラマンゼロ・グレンファイヤー・ミラーナイト・ジャンボットで結成された“ウルティメイトフォースゼロ”と、かつて共に冒険を繰り広げたエメラナ姫との 再会は、謎の巨大人工天球の猛威によって引き裂かれた。天球はエメラナ姫の宇宙ヨットとジャンボットを内部に捕えると、別の宇宙へと転送消滅して しまう。 一方、天球が転送された先の宇宙では、ＺＡＰのレイとヒュウガ船長が休暇のために目指していた惑星ブラムの目前に突如出現した謎の天球の調査に 赴いていた。天球の内部に潜入した二人がそこで見たものは、歴代ウルトラマン達を苦しめたメカロボット達の姿だった。この人工天体は、謎の“ビート スター”からの命令により、あらゆる宇宙のバトルロボを吸収し、最強のメカロボット軍団を作り出して「有機生命体の抹殺」を企てる鋼鉄の天球なのだ。 その天球内部に時空を超えて駆け付けるウルトラマンゼロ達。 だが、そこにジャンボットに酷似した最強メカロボット、“ジャンキラー”が出現！ロボット軍団と共にゼロ達の前に立ちはだかった…。 ■STAGEII「流星の誓い」 謎の天球で行方不明になっていたジャンボットと再会を果たすエメラナ姫。だが、ジャンボットはそのエメラナ姫に刃を向ける。一方のゼロたちもジャンキラーの猛攻に阻まれ、 身動きが取れずにいた。傷ついたリトラをかばい、ジャンボットが振りかざしたバトルアックスの前に立ちはだかるエメラナ姫。 「やめなさい」、姫の声に動きを止めるジャンボット。そして、それに倣うかのように何故かジャンキラーの動きまでもが一瞬停止するが、即座に機能を回復させて何処かへと飛び 去ってゆく。エメラナ姫の導きによりジャンボット内部に潜入したレイとヒュウガはそこでロボットたちを操る謎の天球ガーディアン、“ビートスター”の存在と、ジャンキラーが ジャンボットのデータをベースにビートスターが作り上げたロボットである事を知る。ビートスターは何故、ロボットたちによる有機生命体の抹殺を企てているのか？ 刻一刻と惑星ブラムへと迫る天球。惑星衝突の危機迫る中、 ウルティメイトフォースゼロの前に再びジャンキラーが出現！容赦ない攻撃の前に、ついにエメラナ姫は…。

■STAGEI「钢铁的宇宙」由赛罗奥特曼、格鲁吉欧火焰、镜子骑士、詹伯特组成的“终极赛罗警备队”，与曾一同冒险的艾美拉娜公主重逢，却被神秘巨大人工天球的威力所撕裂。天球将艾美拉娜公主的宇宙游艇和詹伯特卷入内部后，转移到另一个宇宙并消失。 另一方面，在天球转移后的宇宙，ZAP的雷和飞鸟船长为休假前往布拉姆行星，却在行星面前突然出现神秘天球，二人前去调查。潜入天球内部后，他们看到的是历代奥特曼都头疼不已的机械机器人的身影。这个人工天体是受神秘“比特之星”的命令，吸收各个宇宙的战斗机器人，打造最强机械机器人军团，企图“抹杀有机生命体”的钢铁天球。而在那 天球内部……

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的过失，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

赛罗奥特曼为了救盘龙号的船员，与黑暗洛普斯赛罗展开了激烈地战斗。在战斗过程中，由于赛罗一个不小心被打入了扭曲的空间里，在这个扭曲的空间里，赛罗居然遇到了奥特兄弟，只不过没想到的是，奥特兄弟居然对赛罗发动了攻击。原来这些奥特兄弟并不是真正的奥特兄弟，是一群人造的冒牌货。赛罗虽然无惧这些冒牌的奥特兄弟，但是由于对方人数较多，赛罗一时间也是陷入了苦战 冒牌奥特兄弟不断对赛罗发动攻击，赛罗的体力渐渐开始不支了。就在千钧一发之际，雷欧奥特曼现身，特地赶来支援赛罗。在雷欧的帮助下，赛罗与雷欧合力击败了冒牌奥特兄弟。击败冒牌奥特兄弟，赛罗马上逃出扭曲的空间，赶回去支援盘龙号的船员们。 从扭曲空间逃出来的赛罗再次与黑暗洛普斯赛罗交手。而日向船长终于查明了这件事的来龙去脉，这一切的背后都是一位叫海洛蒂亚的萨罗梅星人搞得鬼。她企图造出宇宙机器人军团，征服整个宇宙。可惜，有些东西根本不是海洛蒂亚能够掌控的。黑暗洛普斯赛罗的失控，宣布了海洛蒂亚的计划彻底失败。