番組中盤には既にOVAの企画があったが、この時はローラにスポットを当てた番外編的な内容になる予定だった。しかし、打ち切りが決定すると「ムゲとの決戦を無理に放送枠内に詰め込むのではなく、後からじっくり描こう」という案が浮上。TV版の最終話はダンクーガがムゲの宇宙に突入するところで終了し、その続きがOVAとして作られた。 　　総集編と新規に制作されたムゲとの決戦で構成されており、総集編パートは一部の台詞が変更されている。また、必殺武器「断空剣」が初登場した。獣戦機隊の物語は、ここで一度終了する。 なお、クレジットには原画でしか表示されていないが、新規パートのメカ作画監督は大張正巳が担当している。（BD-BOX01の本人のインタビューの発言）。そのインタビューにて、ザンガイオーの他に、断空剣、ムゲ魔宮、ムゲの霊波砲のデザインをしたと語っている。 　　また、ザンガイオーの名付け親も大張で、当初は「ダンガイオー」を考えており、その名前は後にバンダイビジュアルから出たOVAで日の目を見ることになる。 　　断空剣の他に対になるシールドもデザインされたが、本編で使うことはなかった。 　　メカ以外のムゲ側の作画監督は羽原信義が担当した。

侵略者ムゲ・ゾルバドス軍の攻撃により、地球は壊滅的な打撃を受けた。だが、ロス・イゴール長官と葉月博士が密かにイーグルファイターら4体の「獣戦機」を完成、藤原忍ら4人を召集し「獣戦機隊」を編成。これに対抗する。

五百年前，天玄大师大师将万妖之王封印，换来了盛世太平。然而好景不长，原本安宁的归元镇上妖异四伏，霍乱再起。为了守护正义与和平，年轻的捉妖师们跃…

ムゲとの決戦から1年後を舞台に、密かに地球を狙う魔の手によって追い詰められた獣戦機隊がアランの意志を受け継いだゲリラチーム「バンデッツ」の協力を得て戦う。 　　劇場公開を予定して作られたが、諸般の事情によりOVAとして発表されることになった。本作からダンクーガは強化改造型となり、獣戦機と合わせてデザインが変更された。また、必殺技「断空光牙剣」は（アニメでは）今回のみ使用。

新たなる侵略者「ディラド」が出現。これに対抗するため、解散していた獣戦機隊が再び招集される。死んだと思われていたシャピロが復活、獣戦機隊は戦いだけではなく過去の因縁とも改めて決着を付けなければならなくなる。内容的には『GOD BLESS DANCOUGA』の続編だが、前作とは対照的に重苦しい空気が全編を覆っている。

从全国中学三年生中选出被认为是最不良的一个班级，令其所有成员在一起自相残杀直至仅余最后一人存活的游戏法则——新世纪教育改革法，通称“BR”。 　　三日之内，要么将身边所有同伴杀死，要么等着自己被杀，道路残酷而唯一。而当年最终从这种极限状态中脱逃，残活下来的人，他们后来如何？ 　　在七原秋也与中川典子从BR中脱身，离开孤岛的两年之后，人类世界进入了恐怖主义时代。首都在反BR国家的“恐怖分子”手下被炸为废墟，政府当局将这次事件的凶犯判定为七原，并开始了对其的国际通缉。 　　首都崩坏之后一年……七原做为反BR法组织“wild seven”的领袖，对所有的成人发布了宣战通告。成人们为了剿杀七原，便籍着反恐的正义之名，计划了一次新游戏——新世纪反恐对策特别法，通称BRⅡ。 　　这样的背景之下，某天，汇集了来自全国各地的不良少年，以及逃课问题生的鹿之砦中学校的3年B组42名孩子，在圣诞节休学旅行通往滑雪学校的路途中，沦为了军队的劫持目标，被全员绑架到了一座孤岛之上。当他们被勒令换上军服，并押送集合至一个巨大军营之内时，他们的指导教师RIKI却出现了。“整个班级无一人例外，将成为本次BRⅡ的参加者”，RIKI向已经陷入混乱的学生们，公布了绑架理由，并说明了BRⅡ的游戏规则。

1859（安政6）年、江戸。土方は道場破りに明け暮れていた。ある日土方は試衛館（しえいかん）という道場を訪れる。 　　試衛館こそ後に新撰組局長となる近藤勇（こんどうい さみ）が道場主を務める道場であった。 　　近藤と戦った土方はその圧倒的な強さに完敗。その強さを超えるべく、土方は試衛館に入門することとなる。 　　数年後、近藤をはじめとする試衛館のメンバーは、将軍警護のためという名目で結成された浪士組に応募、 　　その一員として京都にいた。当時の京は、日本全国から、様々な背景や意図を持った人物たちが集まり、 　　佐幕派、攘夷派、倒幕派が入り乱れ、暗殺や陰謀、政治の駆け引きが絶え間なく繰り広げられる異形の都市となっていた。 　　その後、芹沢鴨（せりざわかも）のグループと幕府を倒そうと活動する攘夷派志士を取り締まる壬生浪士組を結成。 　　壬生浪士組は芹沢と近藤が局長、土方と山南、芹沢派の新見錦が副長となったが、次第に試衛館派と芹沢派の 　　主導権争いが深まっていき、たびたび衝突が起こり激しく争っていく。

1859年（安政六年），江户。土方岁三沉迷于挑战各大道场比武切磋。某日，土方造访了一个名为“试卫馆”的道场。这个道场的馆主，正是后来成为新选组局长的近藤勇。 　　土方与近藤交战，却完败于近藤那压倒性的实力之下。为了超越这种强大，土方决定拜入试卫馆门下。 　　数年后，近藤以及试卫馆的成员们以“护卫将军”为名，参加了新组建的浪士组，并作为其中一员前往京都。 　　当时的京都，是一个聚集了来自全国各地、怀抱着各种背景与目的之人的异样都市。佐幕派、攘夷派、倒幕派混杂其中，暗杀、阴谋、政治博弈接连不断。 　　此后，他们与芹泽鸭一派共同组成了以镇压活动中的攘夷派志士为目的的“壬生浪士组”。壬生浪士组由芹泽与近藤共同担任局长，土方、山南以及芹泽派的新见锦担任副长。但随着时间推移，试卫馆派与芹泽派的主导权之争愈演愈烈，双方不断发生冲突，局势日趋激烈。

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。导演山本泰一郎表示，他参与《柯南》多年后，才发觉自己喜欢检查画功的工作多过编写剧本。他很怕写剧本，耐性不够，久而久之会发白日梦，反而经常自发性的对绘画员交来的原画草稿中指指点点。《侦探们的镇魂歌》合共大约有1,700小节，数目和前作大致相同。柏原宽司跟老前辈青山老师和导演山本泰一郎合作无间。主题是由青山刚昌定出来之后，编剧再以这个主题作故事基础，构思情节，辗转地和导演商量多次后才写剧本。完成大纲和分场后，再给青山刚昌看，由他提供意见。这种合作形式相当凑效。编剧表示，用横滨市的貌景作为故事舞台，纯粹是他的个人喜好，他不论写甚么故事最后都会以横滨作背景。他是深受《危险的刑事》、《大追迹》和《BAYCITY刑事》等经典作品，甚至是石原裕次郎电影风格的影响，觉得在旧片里出现的横滨相当有型。《侦探们的镇魂歌》在东京上映，斥资数十万元举行大型庆祝会时，当地电影公司特邀人气偶像 上户彩，担任此个剧场版10周年纪念作品的赞助人。上户彩表示，从小已是《柯南》的super fans，在她还未成为演员之前，每年总会和家人一起观看《柯南》动画；因此，这次剧场版被邀当赞助人的上户彩，知道消息后兴奋不已，更决定于百忙中，抽空莅临试映会现场，并即场大力推荐。青山刚昌与柯南献上花束以示欢迎，更与柯南一同接受记者们的拍照，并一同做出‘真相永远只有一个’的招牌手势。

毛利小五郎收到一张请帖，是谜样男子的委托，需前往横滨的一个游乐场。小五郎、柯南一行人开心地抵达欢乐的游乐场，还拿到了能出入无阻的 VIP 手表，却没想到落入了神秘男子的圈套。所有戴手表的人不能离开游乐场，否则就会爆炸。从现在到晚上十点，柯南和小五郎若解不开谜题，小兰和少年侦探团会随游乐园一同灰飞烟灭。其他侦探和柯南一起挑战谜题，大家全力调查敌人真面目时，危机不断出现，时间一分一秒流逝，敌人还无赖地设下最后一道陷阱。更意外的是，那名男子竟直接称呼柯南为工藤新一。 导演山本泰一郎称，参与《柯南》多年后，发现自己更喜欢检查画功而非编写剧本。他怕写剧本，耐性不足，写着会发白日梦，却常自发地对绘画员交来的原画草稿指指点点。《侦探们的镇魂歌》约有 1700 小节，数量和前作相近。柏原宽司与老前辈青山老师、导演山本泰一郎合作默契。主题由青山刚昌确定，编剧以此为基础构思情节，和导演多次商量后写剧本。完成大纲和分场后给青山刚昌看，由他提意见，这种合作形式很有效。编剧表示，选横滨市的景象作故事舞台是个人喜好，他写什么故事最后都以横滨为背景，受《危险的刑事》《大追迹》《BAYCITY 刑事》等经典作品乃至石原裕次郎电影风格影响，觉得旧片里的横滨很有型。 《侦探们的镇魂歌》在东京上映，举办斥资数十万元的大型庆祝会时，当地电影公司邀请人气偶像上户彩担任这部剧场版 10 周年纪念作品的赞助人。上户彩表示从小就是《柯南》的超级粉丝，没当演员前每年都会和家人一起看《柯南》动画。得知被邀当赞助人后兴奋不已，百忙中抽空参加试映会，还当场大力推荐。青山刚昌和柯南献上花束欢迎，和柯南一起接受记者拍照，还一起做出“真相永远只有一个”的招牌手势。