在本系列中，研究员们将调查宗教经书和神话中最令人费解的真相：瓦伦西亚的“基督之杯”，真是耶稣基督在最后的晚餐上使用的杯子吗？希腊神话中，人身牛头的弥诺陶洛斯及其藏身的迷宫，是否与现实时间和地点有联系？圣经故事中，一块单独的尸衣在基督死后裹在他头上，所谓“苏答林”到底是真是假？刻满奇怪符号的费斯托斯圆盘上藏着怎样的信息？传说存放着上帝魂灵的“约柜”是否真的埋藏在圣殿山下？伟大的科学家艾萨克·牛顿爵士曾醉心于寻找点金石，那他到底找到了吗？

X档案是联邦调查局的一个部门，那里面贮存着几十年来遇到的无法解释的超自然现象案件……两位联邦调查局探员追查一桩又一桩非同寻常的案件。特别探员Fox Mulder在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，事业正一帆风顺时，他却突然将全部精力转向了超自然事件。他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。特别探员Dana Scully在工作的过程中，看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命的存在。