在热血队长元堂守的带领下，原本弱小的雷门中学足球队逐渐成长起来。　　在决出日本最强初中足球队的大赛上，雷门十一人打败了一个又一个的强敌，进入…

是系列作中的第一个剧场版动画并且同时上映2D电影和3D电影。可以和NDS游戏‘闪电十一人3 挑战世界!! 王牙版’连动、就连游戏中的原创角色也会登场。另外81 Produce一般公开新人声优选秀会而获得小学馆奖的加藤梓等4名也客串演出。 作为入场者限定特典是放有公仔的圆堂御守来作为全国前一百万名观众的礼物。 宣传词为“这次的敌人从未来来了!我们一定要守护现在!!”。

NDS游戏《闪电十一人》改编的动画，讲述的是弱小中学足球部的领队元堂守和同伴一起前进的热血系列的故事，动画中将会更加细致地描绘游戏里爽快的超必杀技能，让观众更具备临场感。 　　雷门中学足球部的队长圆堂守非常烦恼，因为雷门中足球部是一个部员不足而不能练习的弱小队伍。而且其他成员都毫无干劲，只有守不放弃对足球的热情，每天都一个人反复练习。有一天，雷门中学来了一个转校生，一个叫豪炎寺院修也的男子，他被称为初中足球界传说的前锋。但同时，全国大会40年连胜的强队帝国中学突然向雷门中学足球部申请练习比赛，而这次比赛的胜负会影响雷门足球部是否被解散的命运。守为足球部的未来，想说服修也加入，但修也因某事而发誓不会再踢足球。虽然好不容易找齐了11人的雷门中学足球部，但这场比赛根本就是毫无胜算的比赛，守他们的命运会怎样，而修也又会怎样呢？

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍，社团内聚集了一批拥有各自爱好，每天荒废度日的部员，在队长円堂守慢慢找寻包括豪炎寺修也的队员开始，雷门中学的足球力量开始壮大，故事由此展开...

An organization in the future sends the specially trained Team Ogre to defeat Endou Mamoru and his team, to prevent him from influencing the world with his soccer.

ホーリーロードでの戦いを終え、主人公・松風天馬は、サッカーを子供たちに教えるため、沖縄にいた。 その活動を終えて、雷門に戻ってきた天馬は、サッカー棟に向かい、部員を探すが見当たらない。 　　そこに不思議な風貌の少年「アルファ」が現れる。 　　「お前からサッカーを消去する」 　　200年後の未来から来たという彼らの目的は、サッカーをこの世から消去する事。 　　圧倒的な力で打ちのめされる天馬だが、謎の少年フェイに助けられる。天馬達はサッカーの消去を阻止すべく、時空をめぐる冒険に旅立つのだった。

主角松风天马及雷门足球社的伙伴们， 参加了“神圣之道”的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时， 暗中也进行着决定下一届圣帝的大会，但无视于胜败命令的雷门足球社， 用尽全力的在进行比赛。而在本次的电影作品中， 雷门足球社收到了必需参加强化合宿的命令……。