影片聚焦杰克·萨利与奈蒂莉一家的命运起伏，在前作的情感余波之上，深刻描绘一个家族在战火中如何成长、并共同守护血脉相连的情感纽带的历程，从而将故事推向更具张力的全新维度。此外，潘多拉的全新领域也即将揭晓——观众将首次邂逅“风之商人”这个崇尚和平的全新游牧民族，他们乘坐独特的浮空生物飞船穿梭于各部落间，交易货物、传递信息。 　　而更具颠覆性的是“灰烬族”的登场，这个以掠夺为生、性情凶猛的族群，与大地之母爱娃之间有着深刻的矛盾。他们的出现，将撕开潘多拉不为人知的黑暗传说。当弑亲之仇与部落恩怨交织，潘多拉的命运悬于一线——在这场跨文明的复仇之战中，人类与纳威族将如何抉择，才能真正守护各自的家园与未来？

故事发生在2154年，故事从地球开始，杰克·萨利是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员，他觉得没有任何东西值得他去战斗，因此他对被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作欣然接受。这个星球上有一种别的地方都没有的矿物元素“Unobtanium”，能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是“Unobtanium”将彻底改变人类的能源产业。但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活，这里的空气对人类致命，本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。这里的环境也造就了与人类不同的种族：10英尺高（约3米）的蓝色类人生物“Na'vi族”。Na'vi族不满人类拓荒者的到来，也不喜欢人类的机器在这个星球的土地上因为到处挖矿而留下的斑斑伤痕。

故事发生在2154年，故事从地球开始，杰克·萨利是一个双腿瘫痪的前海军陆战队员，他觉得没有任何东西值得他去战斗，因此他对被派遣去潘多拉星球的采矿公司工作欣然接受。 这个星球上有一种别的地方都没有的矿物元素“Unobtanium”，能够吸引人类不远万里来到这里拓荒的原因就是“Unobtanium”将彻底改变人类的能源产业。但是问题是，资源丰富的潘多拉星球并不适合人类生活，这里的空气对人类致命，本土的动植物都是凶猛的掠食者，极度危险。这里的环境也造就了与人类不同的种族：10英尺高（约3米）的蓝色类人生物“Na'vi族”。Na'vi族不满人类拓荒者的到来，也不喜欢人类的机器在这个星球的土地上因为到处挖矿而留下的斑斑伤痕。

当贪婪的人类将地球的资源和生存环境开采得所剩无几的时候，他们把目光投向了宇宙中的潘多拉星球。杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）是一名失去行走能力的前海军陆战队员，他来到潘多拉纯属一个偶然。杰克的孪生哥哥一直在从事人类进驻潘多拉星球的计划，并且拥有一个用他的DNA制造成的“阿凡达”，那是一种人类和潘多拉星球上的纳美人DNA结合而成的物种，外貌和纳威人一样，而精神由人类操控。可是，在前往潘多拉星球前，杰克的哥哥去世了，于是，作为和哥哥DNA最接近的杰克，成为了继任者。  　在操控阿凡达的过程中，杰克再次感受到了用脚走路的感觉，接触到了从未见过的世界，甚至比其他阿凡达同伴更快接触到了纳威人的世界。潘多拉星球的美景简直无法用语言来形容，高达900英尺的参天巨树、星罗棋布飘浮在空中的群山、色彩斑斓充满奇特植物的茂密雨林、晚上各种动植物还会发出光……就如同梦中的奇幻花园。不过很快，杰克就体验到了这里的危险，一头毒狼与他狭路相逢，眼看就要被吃掉，一支箭射死了毒狼，杰克得救了。救他的是纳美族女孩涅提妮（佐伊·萨尔达娜 饰），杰克从她口中了解到了更多潘多拉星球的知识。　　纳美族人一直以来都与潘多拉星球的其他物种和谐相处，过着一种简朴天然的生活，杰克在和这个纳美女孩的相处过程中逐渐转变了对人类来这里采矿的看法，他意识到他已经找到值得为之战斗的东西了。　　然而杰克·萨利如果要加入纳美族人对抗人类入侵者的战争，要付出很大的代价：他并不能永远呆在“阿凡达”中，当“阿凡达”睡觉时，他就会回到自己半身不遂的人类身体中，只有通过专门的连接设备才能重新回到“阿凡达”中。一旦与自己的同胞为敌，他就失去了与“阿凡达”结合的可能，只能困在残疾的身体里，并失去那个他越来越喜欢的纳美女孩……然而当纳美人的灭顶之灾来临的时候，杰克毅然地做出了他的选择。惨烈但是充满意义的战斗之后，杰克作为一个真正的纳美人留在了潘多拉星球。

战斗中负伤而下身瘫痪的前海军战士杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 Sam Worthington 饰）决定替死去的同胞哥哥来到潘多拉星操纵格蕾丝博士（西格妮·韦弗 Sigourney Weaver 饰）用人类基因与当地纳美部族基因结合创造出的 “阿凡达” 混血生物。杰克的目的是打入纳美部落，外交说服他们自愿离开世代居住的家园，从而SecFor公司可砍伐殆尽该地区的原始森林，开采地下昂贵的“不可得”矿。在探索潘多拉星的过程中，杰克遇到了纳美部落的公主娜蒂瑞（佐伊·索尔达娜 Zoe Saldana 饰），向她学习了纳美人的生存技能与对待自然的态度。与此同时，SecFor公司的经理和军方代表上校迈尔斯（史蒂芬·朗 Stephen Lang 饰）逐渐丧失耐心，决定诉诸武力驱赶纳美人……

《捕捉阿凡达》是一部讲述阿凡达制作过程的长篇幕后纪录片。该公司使用了电影制作过程中的素材，以及早在1995年制作《泰坦尼克号》(Titanic)时就已储存的素材。还包括对演员、艺术家和其他工作人员的大量采访。这部纪录片是作为《阿凡达》扩展收藏版的附加内容而发行的。

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十多年过去了，曾经的截瘫的前海军士兵 杰克·萨利 （ 萨姆·沃辛顿 饰）永久变身为拥有地球人基因和纳威人基因的“阿凡达”，并与奥马蒂卡亚部落的族长之女妮特丽 （ 佐伊·索尔达娜 饰）结为夫妇。杰克已经完全适应了他的新身体和族长的身份，并和奈蒂莉有了三个孩子，还收养了格蕾丝留下的女儿 琪莉 （ 西格妮·韦弗 饰）。四个孩子里，老大 纳特亚姆 （ 杰米·福雷特斯 饰）最为懂事听话，也很会照顾弟弟妹妹；老二琪莉 （ 西格妮·韦弗 饰）因为不知道自己的父亲是谁，有些敏感；老三洛克 （ 布里坦·道尔顿 饰）酷爱冒险，是家里的闯祸精；最小的妹妹图克 （特里尼蒂·布利斯 饰）总是黏着哥哥姐姐们。四人跟人类留下的孤儿“蜘蛛” （ 杰克·尚皮永 饰）是形影不离的好朋友。原本，将地球人赶走后，杰克一家与族人过上了田园牧歌般的生活。然而，原本死去的迈尔斯·夸里奇上校 （ 史蒂芬·朗 饰）化身阿凡达重新归来，一心要找杰克和奈蒂莉复仇。为了族人的安危，也为了保护孩子，杰克决定带着家人离开，前往不易被找到的由罗娜尔 （ 凯特·温斯莱特 饰）和 特诺瓦里 （ 克利夫·柯蒂斯 饰）领导的海洋部落，展开全新的生活。正当一家人经过重重磨合，终于适应以水构筑的新家园时，新的危机也在慢慢靠近 。