秘術啟動，少年成為隱王。 失落，卻不知失去了什麼。 喪失的痛苦、空虛的心靈、 聽不見的聲音、絕望與恐懼。 變化並不只是出現在壬晴的身上， 所有的隱世之人都受到影響， 尤其是雪見和彥。 他失去了一條手臂， 以及更重要、卻不知名的東西。 秘術不應該啟動。 為了消滅超越人智的秘術，隱世的忍者再度齊聚萬天。 無法保護壬晴的帷，決定投注全副心力，開發抽離秘術的「是空」。

雷鳴與雷光。 過去曾經以清水家代代相傳的「我聞」互相為敵的兄妹， 如今再度攜手合作， 為了守護隱世的和平而努力。 虹一與史島。 雷鳴等人的同志， 人稱「白澤」的存在。 他們的心願是擺脫不死的詛咒， 唯有秘術才能協助兩人實現願望。 可是他們無法認同清水家致力於消滅秘術的使命， 立場相左的同志，是否難逃互相傷害的命運？ 「傘」的新任首領伊那沙不惜犧牲自己的生命力， 挾著禁術氣羅的力量加入戰局。 隱世的一方重鎮風魔小太郎則是帶著詭異的微笑， 暗中進行不為人知的計畫。 孰是敵人？孰是朋友？ 忍者聚集的隱世，本來就沒有正義可言。 秘術‧森羅萬象的故事， 依然方興未艾。

六壬晴已經成為灰狼眾的成員， 為了阻止他使用森羅萬象的力量， 擁有五大禁術最後禁術書圓月輪的雲平．帷．杜蘭達別無選擇， 只能藉由接觸受到森羅萬象不死詛咒的相澤虹一， 堅定自己絕不讓壬晴使用森羅萬象的決心。 於是帷帶著圓月輪消失無蹤。 另一方面，雪見和彥不再將宵風視為單純的「氣羅使」， 決心了解宵風的過去，探究逐漸消逝的生命。 「我到底在想什麼…」自我解嘲的雪見得到了一本筆記， 展開了揭開宵風存在之秘密的行動。

六壬晴是一個對周遭的人事物都漠不關心的中學生，可是他的體內卻隱藏著忍者的世界（也就是隱世）最強的秘術「森羅萬象」。為了奪取這種無與倫比的力量，源自伊賀忍者的「灰狼眾」全體出動，誓言要將壬晴帶回伊賀之里。 另一方面，壬晴的英語教師雲平‧帷‧杜蘭達與壬晴的同學虹一都是萬天之里的忍者，他們的任務就是保護壬晴的安全。一場「森羅萬象」的爭奪戰將各方忍者捲入其中，壬晴若想恢復獨善其身的生活，唯一的辦法就是成為隱王！於是他被迫走進隱世，迎向未知的挑戰！

甲賀的動亂之中， 虹一被子彈貫穿了胸口， 可是他卻重新回到戰場， 將潛入甲賀的國家情報部隊「傘」的成員一一打倒。 之後帷、虹一和雷鳴共同回到萬天， 帷卻對「相澤虹一」的真實身分產生了疑慮。 另一方面，灰狼眾緊鑼密鼓地著手於將森羅萬象自壬晴體內抽離的工作。 禁術蛇藥透過壬晴落入灰狼眾之手，如今只剩下萬天的圓月輪。 服部命令一季召集新的行動小組， 試圖奪取解開森羅萬象秘密的最後關鍵，也就是帷手中的萬天禁術書。 帷是否能貫徹封印秘術的立場？ 壬晴與宵風的計畫是否能順利進行？

5年前奪走父母的生命、 踐踏清水家尊嚴的雷光， 消失在熊熊烈火之中， 如今已經是灰狼眾的成員之一。 為了替清水家清理門戶，雷鳴與雷光展開一場大戰， 卻落得慘敗而歸的下場，不但身受重傷， 連愛刀黑我聞都被雷光奪走。 另一方面，灰狼眾的宵風在禁術氣羅的摧殘之下， 生命即將步入終點。 為了讓宵風徹底地解脫，壬晴決定動用潛藏在體內的秘術， 以森羅萬象的力量讓宵風從這個世界上消失。 得知壬晴的決心之後，帷又將採取什麼行動？

「空」—— 雪見終於找到了這個名字， 發現了宵風令人不忍卒睹的過去。 相遇於隱世的孤獨靈魂， 雪見不禁重踩油門， 朝著宵風飛馳而去。 宵風的願望只有森羅萬象才得以實現。 加入灰狼眾的壬晴所擬定的計畫，因為宵風而被迫中止， 壬晴更與對著灰狼眾的首領服部柊十郎釋放氣羅的宵風亡命天涯。 在一次又一次的戰鬥當中， 兩人的靈魂互相激盪， 臉上同時綻放出前所未有的燦爛微笑。 然而分離的時刻卻在萬天等著兩人的到來。 宵風的肉體日漸虛弱， 隱王將如何使用他的力量？

森羅萬象是誕生於忍者的世界——人稱隱世的恐怖秘術。擁有秘術的六壬晴決定與帷和虹一共同踏入隱世，周旋於各大忍者勢力之中的他為了保護秘術、保護自己，被迫背負成為「隱王」的宿命。保護壬晴的帷老師敗在風魔小太郎的手上，深切體認到自己的無力。 另一方面，伊賀的灰狼眾趁著帷老師不在的時候擄走壬晴，原來這是宵風背著灰狼眾的首領所做出的行動。宵風將壬晴帶到隱密的棲身之處，兩人達成一項協議，壬晴必須以森羅萬象抹煞宵風的存在，否則宵風就殺了壬晴的朋友。與死神訂下契約的壬晴平安回到家中，這時戶隱之里的首領織田八重出現在帷老師的面前，她以自古流傳的飯綱心眼，綁架了萬天忍者的內心世界…

秘術啟動，少年成為隱王。 失落，卻不知失去了什麼。 喪失的痛苦、空虛的心靈、 聽不見的聲音、絕望與恐懼。 變化並不只是出現在壬晴的身上， 所有的隱世之人都受到影響， 尤其是雪見和彥。 他失去了一條手臂， 以及更重要、卻不知名的東西。 秘術不應該啟動。 為了消滅超越人智的秘術，隱世的忍者再度齊聚萬天。 無法保護壬晴的帷，決定投注全副心力，開發抽離秘術的「是空」。

森羅萬象是誕生於忍者的世界——人稱隱世的恐怖秘術。 擁有秘術的六壬晴決定與帷和虹一共同踏入隱世， 之後在自稱武士的美少女雷鳴的陪伴之下， 四人連袂前往風魔之里，希望從風魔小太郎的口中， 得窺森羅萬象的真面目。 想不到風魔之里遭到伊賀灰狼眾的偷襲， 禁術「氣羅」的擁有者宵風趁著風魔小太郎不在的時候， 大肆殘殺風魔的忍者。 就在壬晴身負重傷的時候， 神秘人物及時出現，救了大家一命。 姍姍來遲的風魔小太郎會與死神一決勝負嗎？