在那风之都市，无数暗影潜行， 曾几何时，一名硬汉在黑夜驰骋，独自背负罪孽，不顾双手班污，只为驱逐邪恶，替活于日光下的民众换取和平。 直至命运的邂逅，让他遇上某位满腔热血的半吊子 少年， 引导出“起始之夜”(Begin’s Night)，促使首位 二为一体的蒙面超人诞生—一 “来，细数你的罪恶吧!”

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司、秋山莲、北冈秀一，浅仓威，雾岛美穗和一位神秘骑士。雾岛美穗成为假面骑士骑士的目的是要杀死浅仓为姐姐报仇，并让姐姐复活。 为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。 由于美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的假面骑士龙牙破坏。镜中世界的真司假冒真正的真司袭击美穗，美穗与龙牙战斗但处于下风，虽然美穗被真司所救，但最后因伤重而死…

“如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园。”突然出现的神秘男子艾斯 / 假面骑士伊甸，与信仰他的数千名信徒一起，在世界各地引发多起恐怖行动。人们接连崩溃倒下，世界陷入了巨大混乱之中……为了阻止他，飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷站的迅、灭等人站了出来，身为假面骑士，他们一边与敌人战斗，一边奋力追查真相。拥有压倒性强大力量的艾斯到底是什么人？他试图创造乐园，又有什么意图？跨越人类和AI的隔阂，拯救世界！

‘如果神用六天创造出了世界，我将在六十分钟内破坏殆尽，创造出乐园’ 　　突如其来现身的谜之男子伊斯 / 假面骑士Eden，与信仰他的一亿名信徒一起，于世界各地引发多起恐怖行动。当人们接连崩溃倒下，世界处于大混乱之中，为了阻止埃斯而站出来的飞电或人、不破谏、刃唯阿、天津垓，以及灭亡迅雷.net的迅、灭等人，作为假面骑士在与敌人战斗时奋力追查真相。 　　到底，拥有压倒性强大力量的伊斯真面目到底是。伊斯试图创造乐园，又到底有什么意图？ 　　跨越人类和AI的隔阂，用60分钟拯救世界！

在不久的未来，世界已经被智脑公司所统治。 世界上的大多数人类都被智脑公司变成了怪人“俄尔以诺”，残存下来的人类仅有2433人，他们组成反抗军，以女主角园田真理为中心，躲在角落里苟延残喘。 而假面骑士555是人类的救世主，其变身者乾巧，在智脑公司发动的总攻下被打败，目前生死不明。 智脑公司为了对付余下的假面骑士凯撒，开发出了最强的假面骑士腰带“帝王腰带”。面对利用帝王腰带变身的强大邪恶假面骑士，反抗军无力对抗。难道人类真的就要就此灭绝了吗？ 心灰意冷的园田真理在空无一人的舞会上独自落泪，就在这时她的背后出现了一个一身白衣的男子，真理从他身上隐约看到了乾巧的影子。没错，他就是丧失了记忆的乾巧。 巧和真理的命运在这孤独的世界中会走向何方？人类的救世主传说就此展开！