琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

在相信魔法存在的东方，从小梦想成为魔女的琪琪（小芝风花 饰）终于迎来了13岁的月圆之夜。她带着黑猫吉吉（寿美菜子 配音），告别了爸爸（筒井道隆 饰）…

机灵可爱的琪琪（小芝雪花 饰）是身为魔女的妈妈可琪莉（宫泽理惠 饰）和普通人身份的爸爸欧其诺（筒井道隆 饰）生下来的孩子。魔女家族有一个传统，当小魔女长到13岁的时候，在满月的那个夜晚，她就必须启程前往另一个城市进行为期一年的修业之旅。琪琪早就盼着这一天的到来，虽然她还只会骑扫帚飞翔，但她依然带着最亲密的伙伴--黑猫吉吉（寿美菜子 配音）如期出发。漫长的旅途中，她们来到一座四面为蔚蓝的大海所包围的美丽港口城市克里克。琪琪从第一眼看到就喜欢上这里了，因此她决定在克里克市展开魔女的修行。琪琪从天空缓缓落下，抵达了那间紧挨着风车小屋的面包房。她被里面的香味所吸引，而店主（山本浩司 饰）和索娜阿姨（尾野真千子 饰）则热情地将这位远道而来的小魔女迎入店中。琪琪谨记妈妈的教诲，"要一直微笑面对每一个人"。她展露无邪的笑脸，骑着扫帚飞翔在城市的上空。        她利用自由飞翔的优势，开办了帮助别人送快递的业务，不过第一份委托却给她留下了不好的印象。委托人正是热爱研究飞行器的少年蜻蜓（广田亮平 饰），不经意发生的小事让初次见面的二人关系恶化。第一份工作的挫折令琪琪一度感到失落，不过她很快又变得精神满满，越来越多的委托递交到她的手中，她也终日在天空上飞来飞去，不得闲暇。冷静的吉吉告诫琪琪不要被成功冲昏了头脑，可是成就感十足的小魔女自顾自沉浸在修行的喜悦之中。某天，克里克动物园内备受游客喜爱的小河马突然患病，饲养员（新井浩文 饰）竟然在收音机中指责这一切是魔女的诅咒造成的！无情的言辞极大刺痛了琪琪的心，种种不安也在她的心头涌起……

短篇动画《恩星与魔法的平板电脑 ～另一个午睡公主～》（エンシェンと魔法のタブレット ～もうひとつのひるね姫～）在电影上映之前公开，于2017年3月上旬起在Hulu配信。该动画以恩星为主人公，描述本篇之前的故事。

主人公咲田真一（滨田岳饰）在东京工作，不料公司倒闭，并被赶出了员工宿舍。无奈之下，他回到了家乡。在以前经常光顾的拉面店里他与强硬的迷之男子三筋…

货运公司的坏同事恶搞她的送货工作，幸好有好心客人帮忙，两人现在得跟时间赛跑，将圣诞礼物及时送到收件人手上。

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本作讲述芳根京子在整理两个月前去世的姑妈遗物时，发现了“蜜月日记”与神秘信件。明明姑妈一直单身，这段过往却从未被提及。为了追寻真相，芳根踏上前往意大利的旅程，在米兰、威尼斯、罗马等地欣赏建筑、美景与美食，并在旅途中经历看似偶然却命中注定的相遇。最终，她将在罗马与信件寄件人见面，迎来关于姑妈“另一段人生”的揭示。

本作讲述芳根京子在整理两个月前去世的姑妈遗物时，发现了“蜜月日记”与神秘信件。明明姑妈一直单身，这段过往却从未被提及。为了追寻真相，芳根踏上前往意大利的旅程，在米兰、威尼斯、罗马等地欣赏建筑、美景与美食，并在旅途中经历看似偶然却命中注定的相遇。最终，她将在罗马与信件寄件人见面，迎来关于姑妈“另一段人生”的揭示。