阿妹注定要肩負起成為世界「守護者」的使命，必須對抗各種妖魔鬼怪，以維持魔法與人類之間的平衡。

市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门…… 　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。

鹿目圆，本来是一位拥有幸福日常生活的平凡人，直至为了解放残酷命运连锁的那天，她赌上身心去改变世界法则，拯救一众魔法少女。因为极度思念而奇迹般保…

抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路…… 本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。

见泷原市，魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、前辈巴麻美（水桥香织 配音）以及来自邻镇风见野的佐仓杏子（野中蓝 配音），携手和由人类的噩梦具象化产生的怪物Knightmare不懈作战。再度轮回的邂逅，晓美焰（斋藤千和 配音）转学来到见泷原中学，五位魔法少女重新集结。某天，晓美对当下的违和感产生怀疑，她约同杏子一同调查，却发现根本无法走出见泷原，由此确认自己的记忆被捏造的事实。       不久之后，晓美取回从前的记忆，发现当下的见泷原是一个根本不会产生魔女、且被结界隔绝封闭起来的世界。经过思惟求索，巨型结界的成因、真相与缔造者全都大白天下。只是结界现存的种种异状让她颇感不安，也由此引发了和巴麻美的激烈冲突。似乎了解一切的沙耶香劝导晓美安于没有“魔女”的幸福现状。        小圆悲剧般的宿命似乎无论如何也无法改变，深感绝望与悲伤的晓美终究无法抑制地实现魔女化。由“爱”产生的难以估测的巨大力量，足以摧毁既有的结界、规律、宇宙法则以及世间万物。悲剧轮回，可否就此终结？

魔法少女怀着帮助他人的信念而诞生，却不得不背负残酷的命运。在接连不断的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）耗尽了自己的生命。当晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）将她的尸体带回时，好友鹿目圆（悠木碧 配音）陷入了前所未有的悲伤与痛苦之中。从丘比（加藤英美里 配音）那里得知魔法少女的宿命后，小圆受到了极大的触动。在杏子的提议下，小圆决定拯救沙耶加，而她们即将遭遇最强的魔女之夜（水桥香织 配音）。关于魔女的未来与生命，她们踏上了一条危机四伏的道路…… 本片是魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新剪辑而成。

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 　　魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

就读初中二年级的鹿目圆，过着平凡幸福的生活。神秘转学生晓美焰的出现，开始让小圆的命运有了巨大转变。某日一只名为丘比的神秘生物，希望小圆能够与它…

艾可魔法少女由音乐，魔法，美少女三大元素构成，主要讲述了3位新海学院6年级的转学生，其实是来自神秘乐之世界的音乐魔法少女，她们在暗中对抗着邪恶的噪音魔王，悄悄的维护着世界的安宁与和平。