由上条當麻與吹寄制理的日常生活話題為開端，變成了全班的火鍋派對，可是卻讓小萌老師大為困擾!?在倫敦，由魔法師少女們所交織的混亂（？）一天是怎麼回事？墜入學園都市黑暗面的一方通行。等待著他的是什麼？跟放電國中妹長得一模一樣的容貌。她來到學園都市的理由是？補完《魔法禁書目錄》本篇的SS系列登場，收錄4個短篇故事。

追蹤牛仔褲之狼的神裂、與奇怪的賣草少女相遇的上条刀夜、強度微妙的等級5超能力者第七號、在決心殺人的少女面前出現，自稱「御坂」的男性、被打混的美容師搞到火大的白井、向初春挑戰的駭客少年、受到修長美女仰慕的砂皿緻密、熱愛血型占卜的御坂妹妹們、在某方面覺醒的雪莉、與絹旗一起看電影約會（？）的濱面…補完本篇的外傳SS系列第二彈！

學園都市的新學期第一天。那是上条當麻的學校出現「神秘轉學生」的日子，是茵蒂克絲頭一次交到「朋友」的日子，是御坂美琴與茵蒂克絲首度面對面的日子，是夾在她們之間的上条當麻依舊不幸的日子，是旁觀事情發展的白井黑子嫉妒上条的日子……然後，也是某個魔法師向學園都市襲擊的日子！在特別警戒宣言下的學園都市，當科學與魔法交會之際，上条當麻的故事就此展開－－！

十月。世界各地突然發生羅馬正教徒的反科學示威遊行。這樣的反抗行動，無疑是對以學園都市為首的「科學勢力」的反彈。在世界一片混亂中，上条得知此事件的元凶是名為「C文書」的靈裝，他跟土御門元春一起前往「C文書」所在的法國觀光都市亞維農。在亞維農當地，上条跟天草式十字淒教的成員五和重逢，與她一起搜索「C文書」……但「神之右席」的左方之地，突然出現在他們面前。當科學與魔法交會時，上条當麻的故事就此開始！

處理在學園都市暗部所發生事件的「集團」。由最強等級5超能力者一方通行，以及既為魔法師也是能力者的土御門元春等人所構成的這個小組，針對「龍」這個關鍵字開始進行調查。他們相信，這是能打破目前「狗屁倒灶」現狀的唯一手段。另一方面，高層也有人對他們的擅自行動開始感到煩躁。這個人正是擁有學園都市最高權力的統括理事會成員之一。他的強大勢力，開始向「集團」張牙舞爪&hellip繼15集與SS系列後，「學園都市暗部」篇登場！

俄羅斯宣布發動第三次世界大戰。學園都市與俄羅斯的衝突，化為將全世界捲入的龐大規模。在此背景下則有「神之右席」的最後一人，右方之火在行使政治操作。在世界大戰的戰火中，依然有人在四處奔走。包括學園都市的高中生上条當麻，最強的超能力者一方通行，以及前暗部組織「道具」的跑腿濱面仕上。他們三人各懷不同的想法，奔向局勢緊繃的俄羅斯！在那裡等待他們的是&hellip

羅馬正教的黑暗部「神之右席」的後方之水終於行動了。這個兼具「聖人」力量與「神之右席」的「特性」，最強大、難纏的敵人，為了上条當麻的「右手」而侵入學園都市。接到後方之水事前宣告的英國清教，派出天草式十字淒教的五和擔任上条的保鑣。住進上条家以便護衛的五和，憑著精湛的料理技術與貼心的照顧，甚至威脅到老是白吃白喝白住的修女茵蒂克絲。看到天差地別的兩人，讓上条不禁流下兩行清淚…然而和平的時光並不長久，最強最大的敵人終於出現！

在連續七天舉辦的「大霸星祭」後，上条當麻卻以幸運入場者關係，獲得了前往北義大利七天五夜旅行的資格。這意外的幸運讓上条與茵蒂克絲都非常高興，舞台也轉移到義大利的水都威尼斯。這次的義大利假期是否能讓上条擺脫不幸的霉運？

學園都市中最盛大的活動「大霸星祭」。這是位於超能力開發機構學園都市的所有學校，所共同舉辦的超大規模運動會。上条當麻當然也參與了這項活動。但他的「不幸」依然健在，不但被肚子餓的茵蒂克絲咬，遭到大霸星祭營運委員吹寄制理譴責，還在比賽中被御坂美琴放電攻擊……!?就在這時，某個魔法師為了神秘靈裝「刺突杭劍」而潛入了學園都市。歐莉安娜‧湯森。魔法業界的著名「送貨人」，人稱「追蹤封鎖」的她，到底有何目的？

在「三澤塾」裡有一名巫女遭到了囚禁。主謀者看來是會使用魔法的人物。上条當麻在聽了魔法師史提爾的說明後，卻很乾脆的點頭應允。但史提爾原本的來意，竟然正是為了要上条與他同行。於是，兩人走向了一座在夏日豔陽中矗立的詭異大樓。 魔法師、吸血鬼殺手、禁書目錄，以及上条當麻。 當所有支線交會之際，故事就此開始……