梁宽义助孤女凤娇，并得师傅黄飞鸿答允收留娇于宝芝林，因而与恶霸李龙结怨。龙骗宽，娇回马鞍山，迫娇未婚夫诬指宽与娇有私情，煽动乡民用石头掷死二人，幸鸿率众徒弟及时赶至，大败龙。

关东高手严振东南来佛山，生活潦倒。为扬名他挑战黄飞鸿却遭拒，后干脆砸了"宝芝林"武馆的招牌，一时名声大噪，被洋商收买对付黄飞鸿。梁宽爱上十三姨，…

剧情描述，清末民初，洋人高登欲聘一名武功高强的总保镖，公开征求各方武林高手报名比武。黄飞鸿（谷峰 饰）之表亲麦根（简森 饰）力图此职，惟恐黄飞鸿与之争夺，是以借机踢盘滋事，旨使彼在武林中失威。最后总保镖之职竟由土匪头子李天道（王侠 饰）夺得……

民國初年，由於軍閥橫行霸道，使中國社會治安甚差。廣州市有一群自稱「百二友」的歹徒，以惡霸石老爺及大辮銳為首，經常聯群糾黨去劫奪搶掠，無惡不作令市民甚為驚惶。廣州市有一間藥店寶芝林，由為人敬重的黃飛鴻主持。一日，戲院義演，黃飛鴻捐錢買戲票給徒兒看戲。大徒兒梁寬及師弟凌雲楷、鬼腳七來到戲院，剛巧歹徒「百二友」等人正毆打一青年。梁寬見狀上前幫助，黃飛鴻與「百二友」的恩怨亦由此而起。

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚，佛山居民视他若神明，令他不胜其烦。一日，鸿及徒弟被邀赴广州为灾民筹款，鸿初拒绝，但被徒弟猪肉荣说服，并由荣假冒鸿，应付一切，到达广州，鸿巧遇东，一见如故，后得知东希望能与鸿会面，但鸿苦于未能展露身份，遂嘱牙擦苏冒充自己，搅出笑话连篇，其后在重重误会下，东更被十三姨以为有染而下遂客令。东被利用冒充鸿，遂与鸿展开一场生死决斗。

一代宗师黄飞鸿正恶战贩卖鸦片的汉奸、洋人，却意外落入时空隧道，误闯当代毒贩交易现场。陷入时空困境武艺尽失的黄飞鸿，机智侠义的准警校学员林耀辉，古灵精怪的瑜伽师，无辜卷入的咖啡店员，面对时空穿越学来一身武艺的黑帮头领，布下天罗地网的贩毒集团，一场恶斗一触即发……看摩登黄飞鸿如何寻找时空之门中遭遇凶险搏杀，行侠仗义，找到回家的路。

故事发生在清末年间广州西关，黄非庸原是小型粤剧戏班里的小角色，小时曾被一侠客所救免遭恶人的毒手，他一直都认定救他的就是当时传闻中的英雄黄飞鸿。一次，黄非庸阴差阳错的让人误认为是黄飞鸿，触发了他伪冒黄飞鸿的念头，为了对抗黑恶势力的迫害，也为了生计，他与好友牙擦苏开始合计开办“宝芝林”。随后，他们在寻找合适的人来伪扮梁宽和林世荣的时候出现了一次又一次面临“穿帮”的危机……

少年黄飞鸿自小聪颖正直，常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子，他也有顽皮捣蛋的一面，每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困，与黄飞鸿更似一对朋友，而黄飞鸿的父亲黄麒英则严肃古板得多。某日，黄麒英十三表叔的女儿十三姨从英国回来，寄居在黄麒英家里，受过西方教育的她热情奔放观念先进，很快融入黄家，唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸，吴娴葬身火海，黄家遭此突变，众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案，被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿和十三姨身上了……

清朝末年，朝廷外忧内患，急需聚集民心，激发人们的爱国热情拥护朝廷。慈禧太后为了宣扬国威、鼓励习武之风，在李鸿章的提议下决定举办一场举世瞩目的狮王争霸赛。 黄飞鸿携十三姨、徒弟梁宽进京与父亲黄麒英相叙，并协助开办“宝芝林药厂”事宜。在马家堡车站与黄飞鸿同行的十三姨遇见了老同学俄国人杜文奇，他表面在领事馆做翻译，实际上是一名间谍。后得知俄国人欲刺杀李鸿章，民族大义在前，毅然参加狮王大会，并成功救下李鸿章并说明治国策略的故事。

本片将黄飞鸿与三个徒弟牙擦苏、猪肉荣、梁宽的关系重新定位，黄飞鸿虽继承了宝芝林的师父之位，其实不学无术。三个徒弟反过来教他武功，他也不好好学习，师徒之间关系微妙。直至佛山恶石坚勾结洋人输入鸦片，又以十三姨为要胁逼黄飞鸿出面，他才痛定思痛于短时间内学成了“佛山无影脚”跟石坚展开决斗。