影片承接《黑客帝国3：矩阵革命》的故事，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）联手归来，继续与AI世界的机械大军展开对抗。在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一…

尼奥被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界，而是一个地铁站。他醒来时遇到了一个印度小女孩和她的父母。“火车人”控制着该车站跟母体与机器世界之间的交通。墨菲斯、翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合。他们从“先知”那里知道尼奥的现状，去找梅罗纹奇要人，将尼奥带回现实。在跟“先知”交谈之后，尼奥明白了自己的使命。墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻。翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器世界的圣地。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的飞船借给尼奥。锡安城的人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU，和25万电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗。

尼奥被困在一个“中空”地带：那里既不是母体，也不是机器占领的真实世界，而是一个地铁站。他醒来时遇到了一个印度小女孩和她的父母。“火车人”控制着该车站跟母体与机器世界之间的交通。墨菲斯、翠妮蒂与Logos号飞船的奈奥比会合。他们从“先知”那里知道尼奥的现状，去找梅罗纹奇要人，将尼奥带回现实。在跟“先知”交谈之后，尼奥明白了自己的使命。墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻。翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器世界的圣地。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的飞船借给尼奥。锡安城的人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的APU，和25万电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗。

在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥（基努·里维斯）发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩），也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯）的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。　　尼奥这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中，真正的历史是，在20XX年，人类发明了AI（人工智能），然后机器人叛变，与人类爆发战争，人类节节败退，迫不得已的情况下，把整个天空布满了乌云，以切断机器人的能源（太阳能），谁知机器人又开发出了新的能源——生物能源，就是利用基因工程，人工制造人类，然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。　　尼奥知道后，也加入了人类反抗组织，在墨菲斯的训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出与其他黑客的不同之处，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，墨菲斯被捕，尼奥救出了墨菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工杀死，结果反而让尼奥得到了新的力量，此时真实世界中的崔妮蒂紧依着尼奥和他对话，并深深地吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己有重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪，其他的特工程序吓得落荒而逃。

在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥 （ 基努·里维斯 饰）发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事。而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯 （ 劳伦斯·菲什伯恩 饰）， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂 （ 凯莉·安·摩丝 饰）的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中 。实际上，整个《重装上阵》是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败史密斯 （ 雨果·维文 饰）、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起。就在这时，母体系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，微弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危。可是，“母体取经”的道路注定是凶险多端的：在寻找母体系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和崔妮蒂遇到了前所未有的困难 。在《黑客帝国》系列电影最后一集中，延续上集《黑客帝国2：重装上阵》的故事，并揭晓机器与人类的最终命运。面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他。最后，在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安。人类迎来新的和平 。影片带观众重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……

DVD包含纪录片和1999年开创性电影《黑客帝国》拍摄的幕后花絮。包括对难以捉摸的作家/导演，沃卓斯基的一次罕见采访；演员和工作人员对生产过程的见解

华纳官宣《黑客帝国5》正在开发中，拉娜·沃卓斯基担任执行制片人，《火星救援》的编剧德鲁·戈达德担任导演和编剧。

华纳官宣《黑客帝国5》正在开发中，拉娜·沃卓斯基担任执行制片人，《火星救援》的编剧德鲁·戈达德担任导演和编剧。