特工M 和特工H 只是普通的地球人，却有着不同一般人类的身份，二人都是MIB的秘密探员，负责监管在地球上生活的外星人。这次他们同样要面对一场危及地球的阴谋，因此二人组成了临时搭档，准备携手面对致命外星蜂兽的侵略和组织内部出现内奸的双重危机。他们所遭遇的蜂兽，被称为宇宙最强威胁，不仅可以伪装成任意形态，更有震动大地的神奇力量，这股邪恶势力已经开始在地球上兴风作浪。面临着外星人秘密潜入地球并妄图破坏的巨大危机，一场前所未有的挑战正等着黑衣人特工前去化解……

为了守护世界的和平，黑衣人组织王牌探员H和新晋探员M这对全新搭档将联手抗敌。他们这次的对手十分危险，可以随意伪装成任何人的样子，甚至可以伪装成黑衣人探员。他们即将踏上一场环球追缉旅程，拯救黑衣人组织，拯救世界。

本次重启的《黑衣人外传》中，我们熟悉的“特工K&J”将不再出现，而由克里斯·海姆斯沃斯饰演的特工H将闪亮登场。H是一名温和但却有些刻板的“007”式特…

影片中的特别行动组专门负责追踪外星人的下落，记录他们的动向。行动组每人都身穿黑衣，打黑色领带，比华盛顿官员和华尔街阔佬还要庄严肃穆。行动组的老将代号老K，从来不笑。为了增强战斗力，上级给他派了一个年轻的助手，代号小J。一个外星人飞碟击中山里人埃德加的卡车，并像鬼魂附体一般附在他身上。这个被“占领”的埃德加必须利用一个被占领的星座来攻克地球。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是…

所有人都需要一个领导者。必须有人带领他们，即使是一个病人。黑衣男子站在公共汽车站，警告所有新来的人排队。队列变长了…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 　　崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人专门对付外星人的特殊警察，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。这次，他们发现的是邪恶的外星人对地球采取的秘密入侵和破坏的计划。于是，他们决心与外星人做拼死一战。战斗打响后才发现，敌人是破坏力极强的虫类怪兽。