表面上，高岭清麿（樱井孝宏 配音）是一个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江 配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。 　　在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

表面上，高岭清麿（樱井孝宏 配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江 配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。 　　在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

本片将以软科幻的形式去描绘未来中国社会风貌尝试创作一种中国本土化的民间科幻电影，利用多种影像制作技术，结合“忒修斯之船”悖论，展现关于对未来后人类主义的思考。

田村心（竹内凉真 饰）的父亲佐野文吾（铃木亮平 饰）是一名警察，然而，他却从未见过自己的父亲，因为在他还没有出生的时候，佐野就因为涉嫌投毒杀人而被关进了监狱。虽然种种证据都指明案件就系佐野所为，但直到被判处死刑之际，他依然坚称自己是无辜的。 　　从一出生起，田村心就背负上了“杀人犯的儿子”的沉重枷锁，一家人受尽了侮辱和歧视，在痛苦的日子里，田村渐渐成长为内敛而隐忍的青年，并且幸运的遇到了接受他全部的妻子由纪（上野树里 饰）。在由纪的鼓励之下，田村决定直面自己内心的恐惧，开始调查这起尘封了二十八年的案件。

警察佐野文吾因杀人事件被逮捕并判处死刑，然而佐野坚称自己无辜。31年后，佐野的儿子田村心独自展开调查，来到曾经的案发现场时忽然被浓雾包围，回到了…

《忒修斯的船》由三个看似互无关联的独立故事组成。 　　第一段，一个盲人少女摄影师，在盲人状态时成功举办了个人影展而出名，却在移植角膜恢复视力后找不到摄影的灵感。 　　第二段，抵制动物实验的僧人，因为肝硬化而面临肝移植或者死亡的选择——而移植手术本身正是基于他所反对的动物实验。 　　第三段，原本只关心钱的青年，在自己做完肾脏移植手术后无意中知道了医院和社会上存在的肾脏交易，以及一些“偷肾”的行为。而他也因为这个意外的发现而开始了很多无关金钱的社会活动。 　　而在本片结尾处，第三个故事的主人公受邀参加了一个特殊的影片放映会——参加者都是接受过器官移植的病人，而且他们的器官来自同一个捐献者。于是我们看到了，前两个故事里接受角膜移植的女孩和肝脏移植的僧人也出现在这里。他们共同看的片子，是捐献者本人生前拍摄的一段岩洞探险视频，深邃的岩洞，却如浩瀚的宇宙般神秘壮丽……

被譽為魔界天才的威茲曼(懷斯曼)沒有被選上參加王者決鬥而憤恨不平，偷走了第101本「白色的魔書」並來到人間界找賈修報復，原本計畫到某個地方做暑期渡假的清人，桑比姆，福爾高雷，小惠一行人遇到了少女琴羽(柯渡華)，琴羽(柯渡華)撿到了一本白色書本，清人與賈修在白色書本的引導之下被引入魔界，經過一連串調查之後在那裡得知真相，並亟欲趕回人間界。另一方面，威茲曼(懷斯曼)對琴羽(柯渡華)奪走了心以及洗掉記憶，讓她被迫參與戰鬥，就在威茲曼(懷斯曼)對小惠等人給予致命一擊時，清人與賈修從魔界歸來並與威茲曼(懷斯曼)展開最後對決。