黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？

黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

ゴジラ生誕20周年記念作品。ブラックホール第3惑星人がゴジラそっくりのロボット、メカゴジラを使い地球侵略を企てる。ゴジラはアンギラスとともに迎え撃つが返り撃ちに遭う。しかし沖縄の伝説怪獣キングシーサーがよみがえり、ゴジラとともに逆襲に転じる。メカゴジラのキャラクターが大好評を博す。

ゴジラ生誕20周年記念作品。ブラックホール第3惑星人がゴジラそっくりのロボット、メカゴジラを使い地球侵略を企てる。ゴジラはアンギラスとともに迎え撃つが返り撃ちに遭う。しかし沖縄の伝説怪獣キングシーサーがよみがえり、ゴジラとともに逆襲に転じる。メカゴジラのキャラクターが大好評を博す。

漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告, 對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒， 山根博士在沒有兵器對抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導怪獸回海的方法。 　　在燈火管制下，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射照明彈作誘導。可是，有幾位囚犯趁疏散時逃獄，他們搶了運油車。為逃避警方追捕，他們在大阪市中飛車，由於車速過快，運油車失控撞進工廠，引發大爆炸，壤成火災，以致哥斯拉向著大阪上陸。破壞大阪上的建築物，後來更在大阪城跟安基拉斯死斗，哥斯拉最後咬死暴龍安基拉斯，再以放射火焰把安基拉斯火化，哥斯拉回到海中消失身影。 　　轉了公司一起到北海道的月岡，在那裡與從前的戰友再次相見。在大阪消失身影的哥斯拉突然在北海道海上被發現。哥斯拉更在神子島上陸了，轟炸機趕至並發動全面轟炸，但對哥斯拉完全沒有效。小林的飛機被放射熱線打中，接著墮機犧牲。在那個事故後引起雪崩的先兆，於是他們就對哥斯拉展開「雪崩埋沒大作戰」。月岡放出飛彈令雪崩發生，最後哥斯拉終於被雪和冰淹沒了。 　　由於沒有比核彈更利害的氧破壞劑，令山根博士對打敗怪獸感到悲傷，再次看出在他眼中只有核彈或氧破壞劑的思想，而忽略借用大自然的力量去對抗，「雪崩埋沒大作戰」便證明自然力量大於一切，即使一隻無敵怪獸王也輕意被推倒。

漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告, 對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒， 山根博士在沒有兵器對抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導怪獸回海的方法。 在燈火管制下，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射照明彈作誘導。可是，有幾位囚犯趁疏散時逃獄，他們搶了運油車。為逃避警方追捕，他們在大阪市中飛車，由於車速過快，運油車失控撞進工廠，引發大爆炸...

电影一开场就是核弹在比基尼环礁的爆炸，在炸弹引爆的水域一个巨大的锯齿状的尖刺从中升起。1999年，科学家芹泽博士和薇薇安-格雷厄姆（莎莉-霍金斯 饰演…

1954年，美国发现因为使用核子武器而唤醒，具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用原子弹将其消灭，然而最后仅能使其沉睡于太平洋深处。此后各国便联合展开所谓“君主计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“君主计划”的学者芹泽猪四郎前往调查，怀疑并非因地壳变动所引发，在陷坑中发现了虫形怪兽“穆托”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。日本一所核电厂，因为不知原因的地震引发辐射外泄，造成与工程师乔·布罗迪 （ 布莱恩·克兰斯顿 饰）同在核电厂工作之妻子殉职。2014年，乔·布罗迪的儿子福特 （ 亚伦·泰勒-约翰逊 饰），现为海军上尉，专长为拆弹爆破。他居住在旧金山，与担任护士的妻子艾丽 （ 伊丽莎白·奥尔森 饰）育有一子。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著于辐射外泄真相之追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。将父亲保释出后，原本福特还是不能接受乔偏激的行为，但在乔的说服下，两人再度前往废核电厂管制区寻找证据遗物，发现早已没有核辐射。乔等人被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。基地原来是在过去这些年间一直致力于研究一个穆托的蛹。领队芹泽 （ 渡边谦 饰）得知乔曾是核电厂的工程师，交谈后发现原来两人怀疑核电厂事故的发生原因竟然相同：以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的；研判躲藏在废核电厂的穆托，有周期性与外界沟通的迹象，但不知作用为何。在两人前往查看途中，穆托突然孵化，并朝太平洋另一端飞去。发现怪兽出没的美国军方，早已在太平洋周边进行防御部属。芹泽告知军方以穆透的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间，亦侦测到“哥斯拉”苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助“哥斯拉”的威力来消灭“穆托”，一场令人难以预测的灾难席卷而来 。