柳生一族因为武艺高强一直都受到德川家的信赖依重，但也因此受到来自各方的觊觎。由于外传世间有三卷武艺帐隐藏了对柳生家极为不利之证据，引发各山头势力积极追查武艺帐下落……

柳生新阴流的门派秘宝“柳生武艺帐”分为两卷，一卷“水月之卷”保存于江户柳生道场，另一卷“浮舟之卷”则流落于江湖不知去向。江湖传闻只要将两卷合一，便能知晓柳生武艺帐所隐藏的天大秘密！面对各方势力都觊觎这两卷神秘卷轴的严峻复杂形势，柳生十兵卫能力挽狂澜吗？

东映特摄时代剧。宝历10年(1760年)的江户时代，来自清国婆罗门妖师毗沙道人及其属下四贤八僧企图侵略日本，更想挑起两国战争，一统天下。神变拔刀流的正义剑客鬼堂诚之介和幕府密探覚禅两人毅然对他们的妖术进行迎击。

一千年前，安平侯府功高盖主，为皇帝所忌惮。皇帝听信谗言，派御林军灭安平侯府满门。温凛身为将门主母，以一当百，最后不敌御林军，被万剑穿心而死。温凛死后，时空穿梭，她来到了现代，穿越成了齐风城的协议妻子。

清末，太监总管李莲英授意义和团内神打、茅山、术士三坛清除叛徒二舵主雷公（刘家良 饰）。神打坛方少卿（惠英红 饰）与师叔（刘家辉 饰），茅山坛雷勇（刘家荣 饰），术士坛铁猴（小侯 饰）、铁坛主（陈观泰 饰）分头南下广州，寻觅雷公下落。 当年雷公掌管云南分舵，因不愿见弟子凭借所谓“神打”功夫抵抗洋人军火徒然丧命，不惜违背朝廷旨意，将义和团云南分舵解散，化名雨伯隐居乡间。三坛之追杀人马皆有争功之心，暗斗不止。雷勇更用无赖（傅声 饰）乔装雷公以引出真身。方少卿与铁猴先后为雷公大义感动转变阵营，但三坛坛主仍欲置雷公与死地。

刘家良执导的功夫名片，和其他功夫片只着重描述一种功夫不同，本片展示的功夫真的是“十八般武艺”尽出了，本片同时是傅声的遗作。故事描述刘家荣及刘家辉饰的神打坛门生，悉清廷下令追杀由刘家良饰演的隐居茅山宗师，遂收买傅声饰的流氓，招摇做法，引诱其现身......

江户幕府时期，为牵制非亲藩地方外样大名，德川幕府决定从西班牙购入2500支新式火枪，但装货的御用船在海上被一伙来历不明的水军偷袭，这批枪被抢劫一空。幕府大怒，命柳生十兵卫尽早破案查明真相。十兵卫通过武艺帐忍之卷召集全国各地64名柳生门人齐聚江户，等待他们的，将是一场残酷的恶战。。 。

本片是《柳生武艺帐》（《风虎云龙传》）的延续。隐术派的千四郎，受浮月斋之命，到荒山找出多三郎与夕姬夺取《剑秘图》。原来《剑秘图》为一个农民所拾，后卖给了一个卖艺者法眼。法眼知其重要，便把它藏起来。有一天，法眼把《剑秘图》送给千四郎，觉得他有统治天下的才能，千四郎很高兴便决定和法眼一起闯天下，再不顾浮月斋了。他更向柳生十兵卫决斗，各出《剑秘图》一卷，胜者可得对方所有者。柳生十兵卫终为千四郎所杀。突然浮月斋的伏兵向千四郎杀来，把千四郎砍伤，还把法眼刺死了，幸好得多三郎和兵库介闻风所救，至免一死。

飞鸟井时光是一位对幕府抱有反感的青年公家。他得知《柳生武艺帐》实际上是幕府的暗杀指令书后，决定设法获取这本书以揭露柳生家的真面目。另一方面，察觉到这一危机的柳生十兵卫，在寻找《武艺帐》的过程中，遭遇了受时光之令前来索命的一生宿敌——疋田阴流的浮月斋。。。