迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。时光流转，在地球和…

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了在这个世界里继大古后的第二个光之巨人的人间体。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

"3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。 时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。 主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。 有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人-特利迦奥特曼，苏醒了！"

最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTS-SELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。 GUTS-SELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。 为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTS-SELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼斯将展开一场光与影的终极之战。

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。 　　几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯号。 　　飞鸟信（鹤野刚士饰）作为第一个数据移植者，在移植过程中失去了意识。此时，谜一样的UFO入侵了克利欧莫斯岛。敌人击退了Super GUTS的攻击，并将普罗米修斯号改造成了电脑魔神戴斯非萨…

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了在这个世界里继大古后的第二个光之巨人的人间体。